この件は、小保方さんでなく、若山さんが担当している。だから、若山さんに聞けばいい。
(1) 基本
基本は、次のことだ。（前項の再掲）
キメラマウスを作るには、マウスの胚に候補の細胞を注入して育てる。ES細胞などでは、細胞の塊を酵素処理し、ばらばらにして使うのが普通だが、その手法では STAP細胞はさっぱり胎児にならない。失敗続きだった。
共同研究を始めて１年半たったころ、手法を変えた。細胞の大きな塊を単細胞にばらさず、20〜30個程度の小さな塊にして注入する方法だ。刃渡り１ミリの極小メスを顕微鏡で見ながら操作して切り分ける。細胞工学初期の60年代の技術だが、切り分けるのも注入も難しい。僕はその技を身につけていたからできた。
すると、いきなり成功。体に取り込まれた STAP細胞が緑色に光るマウスの胎児を見ても、すぐには信じられなかった。
（ → 朝日新聞 2014年2月6日 ）
(2) 手順
具体的な手順は、下記で公開されている。ぜひ読んでほしい。（写真もたくさんある。）
→ 山梨大学のページ
これでキメラマウスを作れるはずだ。
（ ※ 感想をひとつ。……20マイクロメートルのガラス管で STAP細胞を吸い込んでいるが、「ここに吸い込む過程で、STAP細胞に圧力がかかって、多能性を獲得した（初期化した）」というストーリーも考えられなくはない。ま、仮説の一つとして、示しておこう。）
［ 付記１ ］
上記の画像を見ても、捏造論者は、「どうせ捏造画像だろ」と主張するのだろう。
若山さんが自分で実験して撮影した画像を、小保方さんがどうやって捏造したのか、私は知りませんけどね。
どこでもドアや、ドラえもんのツールでも使ったのかな？ 「念力（ねんりき）カメラ」とか？ (^^);
［ 付記２ ］
実は、一つ気がかりな点がある。
画像を見ると、STAP細胞は、球形ではなくて、歪んだ形をしている。ここがちょっと気になる。なぜ歪んでいるのだろう？
これが血球（リンパ球）由来の STAP細胞であるなら、問題はない。
一方、血球（リンパ球）由来の STAP細胞でなくて、普通の体細胞から取った STAP細胞であるならば、「実は Muse細胞であった」という可能性もある。
だから、次のことが大切だ。
「胚に注入した STAP細胞は、血球（リンパ球）由来の STAP細胞なのか、普通の体細胞から取った STAP細胞なのか？」
ここをはっきりさせる必要がある。論文を読むと、
「新生仔マウスのCD45+細胞から生成されたSTAP細胞を胚に注入した」（ We next performed a blastocyst injection assay with STAP cells that were generated from CD45 + cells of neonatal mice constitutively expressing GFP.）
と書いてあるので、血球（リンパ球）由来の STAP細胞であることになる。（ CD45+細胞 は血球由来の細胞。）
とすれば、「実は Muse細胞であった」という可能性は否定されるだろう。
ただ、そうだとすると、何で球形ではなかったのか、という疑問も残るが。
［ 付記３ ］
異物汚染（コンタミ）の形で ES細胞がまぎれこんだ……という可能性はどうか？ いくつかの点で否定される。
(1) 若山さんの証言
インタビューの和訳があるので、引用しよう。
Q STAP細胞がES細胞やiPS細胞の混入の結果である可能性はありますか？ このようなことは起こりえますか？ 起こりえるとしたらどのような状況でしょうか？
A（若山）
私はSTAPからSTAP-SCを複数回樹立しました。混入がその度に起こるなんてことは考えづらいです。さらに、私はSTAP-SCを129B6GFPマウスから樹立しました。その当時、我々はその系統のES細胞を持っていませんでした。
私がSTAP-SCの樹立に成功した時、大元のSTAP細胞はOct4-GFPをよく発現していました。この状況ではSTAP-SCの樹立は胚盤胞からES細胞を樹立するより簡単なんです。
さらに、包括的なmRNA発現データもSTAP-SCがES細胞でないことを示唆しています。
（ → 和訳 ）
(2) GFP 発現
※ この件は間違いだと指摘されたので、取り消します。
もし ES細胞だとしたら、ES細胞は GFP 発現をするような遺伝子を組み込んだ ES細胞であることになる。そんなものをわざわざつくるはずがない。わざわざ作っていたとしたら、意図的な捏造だ。
したがって、故意の捏造はありえたとしても、間違いの形の汚染はありえないことになる。
(3) 胎盤の発光
ES細胞ならば、胎盤が発光しないので、胎盤が発光する画像は根本的におかしい。
（ ※ かといって化学物質による汚染もありえない。 → 前出 ）
［ 付記４ ］
若山さん自身は捏造をしなくとも、小保方さんが若山さんに隠してこっそり ES細胞を使った、ということはあるだろうか？ この場合は、故意の捏造となるが。
実は、この説は、「すり替え説」として、前にも検討した。まず無理だろう、というのが結論だ。理由は下記。
(1) ES細胞ならば、それまで１年半もずっと失敗するはずがない。
(2) 途中で STAP細胞から ES細胞にすり変えたのならば、若山さんが気がつかないはずがない。何十回も失敗した際に見慣れていたのだから、違うものになれば、すぐに気がつく。
「今まで失敗していたときの STAP細胞と比べて、今回の STAP細胞は形状も大きさも内部構造も全然違うけど、いったいどういうわけ？ 今までの STAP細胞は、リンパ球由来のもので、そういう構造をしていたけど、今度の STAP細胞は、体細胞みたいな構造をしているよ。というか、ES細胞の外見をしているよ。とてもリンパ由来の細胞とは思えないんだけど。どういうわけ？」
たちまちバレる。このくらいの違いは、素人でもわかる違いだと思う。
→ STAP細胞の動画 ，リンパ球の画像
→ ES細胞の画像 ，マウスES細胞の画像
なお、胚に注入した STAP細胞がリンパ球（血球）由来だということは、［ 付記２ ］ に記した通り。
それ、若山さんがキメラマウスの捏造を告白した、というのなら別だけど。そういう話じゃないですよね。
──
NHK のサイトを見たら、こう書いてある。
＞ 若山教授によりますと、ＳＴＡＰ細胞が出来た重要な証拠の１つである特定の遺伝子の変化について、論文発表前、研究チーム内では「変化がある」と報告され、信じていましたが、先週、理化学研究所が発表した文書の中では、変化はなかったと変わっていたということです。
→ http://www3.nhk.or.jp/news/html/20140310/k10015868081000.html
──
これは TCR 再構成のことだろう。
この件は、批判者の勘違いだ、と私はすでに指摘した。
→ http://openblog.meblog.biz/article/21474166.html
若山さんがこれを読んでいれば、捏造説のデタラメに気づいたはずなのに、読んでいないから、捏造説のデタラメを信じてしまったわけだ。
捏造説の人々は、デタラメを垂れ流して、若山さんを混乱させた。自分で間違いを言っていると知っているくせに訂正しないから、間違いによる影響が広がる。
捏造説の人々は、自分自身が捏造ふうのデタラメを振りまいている（間違いを知っても訂正しない）、と告白するべきだろう。
それとも、TCR 再構成の話は間違いだった、といまだに気がつかないのか？ それほど愚かなのか？
小保方さんの捏造よりも、捏造説の人々の集団的な捏造の方が、よほど悪質だよね。
仮に「取り下げ」になったとしたら、「捏造論者による『STAP細胞は捏造だ』という捏造が奏功した」「虚偽が真実に勝利した」ということになる。ものすごい捏造事件だ。
若山教授の実験そのもの（キメラマウスを作ったこと）は、今でも本当と思っていますが、検証が甘かったので、ものすごい責任が降りかかってきた。世間は、A級戦犯として扱うでしょう。
若山教授は、細胞を1ミリメートルのナイフで細胞を切り取る誰にも負けない技術をもっているので、世界初のキメラマウスが出来た、しかし今回は、細胞を一つ切り取ったものからは、キメラマウスが出来ず、複数の細胞の固まりを使用すると旨く行ったと言っていましたので、小保方さんが渡した細胞には複数の細胞が混じっていたことは確実です。
この点、怪しいと言うことに気がつかなかったことは、やはり何かまぬけなところがありますね。
理論的武装が出来ない、ナイフ使いの日本の名工と言ったところでしょうか。
しかし、理研が真相を明かさない中、逆らって告白したのは、立派。
私は決して逃げないとノップラー教授のインタビューで言っていましたが、その通り実行しました。
それにしても小保方嬢（博士論号剥奪間違いなし）は、世界初のクローンマウスを作成した世界的権威と言われ、世界の研究仲間（ノップラー教授も）からも信頼されていた若山教授を道連れにしたのは許せない。
もう一つの心配は、この件で世界中の研究者が追試実験しているので、そのリソースの損失が多分何十億円以上と思うので、今の時勢柄韓国の研究者から実験に要した費用の損害賠償を請求されないかと心配です。
プロトコルを追加提出し、第三者が証明してくれることを期待しているだったので、おまえら勝手にやったのだろうとは言えない。
最後に、キメラマウスは、出来ているので、奇跡的に ppm 以下の確率で、細胞の初期化が出来ている可能性もありますが、これは、実験過程の様々なデーターを検証していけば最終結論になりますが、理研が証拠を保存しているか疑問。（証拠隠滅を図り、知らぬ存ぜぬも予想される）
それでは、今回の投稿を持って、終了とします。
STAP細胞の議論有り難うございました。
何か勘違いしているようですが、若山さんは「STAP細胞は存在していない」とは言っていませんよ。
若山さんが取り下げを主張したのは、捏造説の人々による捏造説に騙されたからです。虚偽を信じたせいです。
なお、この件は、次項に書いてください。
（2）のところですが、GFPを発現するES細胞がなければ、（3）のES細胞由来の、胎仔でGFPが発現して胎盤で発現しないというキメラマウスを作製できませんよ。
ご指摘ありがとうございました。該当箇所を取り消しました。
※ 大量の文書を書いている割りには、間違いの率が少ないなあ……と自惚れていたばかりだが、少しはひどいミスをしますね。やっぱり。
でもまあ、賢明な読者がすぐに指摘してくれるので、助かります。
いくつか、ヒントを。
１
>>画像を見ると、STAP細胞は、球形ではなくて、歪んだ形をしている。ここがちょっと気になる。
よく、気が付きましたね。
STAP細胞（あるとすれば）は、多分化能をもっているので、ほかの幹細胞と同様に細胞塊を形成します。そうでなかったら、 血球の中から何の指標もなしに（Oct4の発現は見ていませんから）、若山先生にSTAP細胞わたせないでしょう？また、いくら若山先生でも、リンパ球だけ渡して、ＳＴＡＰですと言ったって、インジェクションはしませんよ。
２
CD45抗体でソートしたから、血球系の細胞だと思っておられるようですが、 そのFACSのデータそのものが怪しい訳です。子供が精密天秤を使ったって、正確に質量は測れないのと同じですね。
なので、血球以外の細胞が含まれている可能性はかなり大きいです。
３
実験に使っているマウスの系統 129SVがどういうマウスか勉強してみるのもよいかもしれませんね。
さらに、楽しい解釈を創造されることを期待しております。
もう、錯乱状態ですね。若山さんが、捏造説を信じたのであれば、大馬鹿者になりますよ、自分で検証し、信用していれば、告白することは無いじゃないですか。
自分で作った画像ではない、3年前の博士論文の画像が使われているので、観念したわけです。
博士論文は、中日新聞が取り寄せ、Nature論文の画像と比較していますから（私中日新聞取っています）キモとなる部分の検証がなされていないことになります。実験したマウスの細胞では無いのですよ。
＞若山さんは「STAP細胞は存在していない」とは言っていませんよ。
往生際が悪いな、それだったら、降参するはずがない。
私は、上の投稿で、次の部分で奇跡があるかも知れないと言っている。良く読んでよ。
＞最後に、キメラマウスは、出来ているので、奇跡的に ppm 以下の確率で、細胞の初期化が出来ている可能性もありますが、これは、実験過程の様々なデーターを検証していけば最終結論になりますが、理研が証拠を保存しているか疑問。（証拠隠滅を図り、知らぬ存ぜぬも予想される）
項目違いです。次項または次々項に書いてください。
あるいは、下記。
http://openblog.meblog.biz/article/21421679.html
「何らかの細胞の注入によってキメラマウスは作製された」
ということは実験事実だった。に一票入れておきます。
（どちらもこれだけではまだたいした新規性はないと思いますが。）
＞つじつまの合う議論をして下さい。
おっしゃっていることは理解できます。
しかしながら、ここは管理人様個人の見解を述べる私的な
場であってそのような責任があるとは思いません。
これではyoutubeに趣味でupした動画に「もっとクオリティの高い動画を供給せよ」とコメントしているのと変わらないのではないでしょうか？
また、管理人様におかれましても、コメント欄の締め切りなどは大変寂しく思いますのでもう少しだけ寛容になられてはいかがでしょう？
雑文失礼致しました。
私個人的には、STAP細胞が存在さえ
すれば、小保方が何をやって結果オーライ
とは思わない。
論文は手順書ではない。STAP細胞を発見しました、作成手順はこうです、あとは皆さん追試願います、では論文にはならないでしょ。SNS上で発表すれば十分です。
研究結果に至るストーリーが倫理的に正しく示されていなければ、例え結論が科学的に真実であろうと、業績にはなりませんよ。また、科学者は世捨て人ではありません。事実を示してさえいれば何をやっても結果オーライとは、私は思わない。
以上、失礼しました。
前の項でも誰かが触れているけど著者達が「STAP幹細胞」と主張しているopt4活性な幹細胞は、脂肪細胞、脳細胞など様々な細胞から得られており、リンパ球だけから得られているわけではないんだよね。
そう考えると、キメラマウスを作製したのは
muse細胞、あるいはそれに類するものないか、という解釈の方が説得力があるような気がするんだが。
もちろん理由付けなんていくらでもできます。しかし客観的にデータを見るとSTAP細胞の存在は限りなく黒に近い(もちろん100%ではない)。キメラマウスだって小保方さんが若山さんにGFPを発現するES細胞を渡した可能性だってあります。
片寄った考えを主張し続けるのは科学的ではありませんよ。管理人さんのバックグラウンドは知りませんが、実験系の研究者ならその考え方は致命的です。まさに今回の小保方さんと同じです。
STAP細胞の実在については、若山さんが手持ちのSTAP細胞を第三者機関に送って調べてもらうといっているので、近いうちに結論が出るでしょう。
管理人さんの他の記事を拝読させていただくとなかなか面白い考察をされていただけに残念です。
しかし、
(1)一年半も失敗し続けたから、結果を出すことを焦った小保方さんがES細胞を故意に送った。
(2)STAP細胞はもとの血球の形とは変わっており(小さくしぼんでいる)、なおかつ細胞塊になっています。ですので見分けがつかなくても不思議ではない。
という可能性もあります。
何にせよ、STAP細胞の解析結果が出ればわかりますね。楽しみです。
手のひらを簡単に返さない事だけは
褒めてあげよう。
ただ、それは研究者としては致命的な
欠点だ。研究費を浪費するだけ。
「人の発言を捏造する」のは、管理人さんも同じ穴のムジナに見えますよ？
反対者に対して、論理的である以上に情緒的に反応するのは、まるで陰謀論者・疑似科学者のように見られてしまいますよ？(件の『皮肉』含めて)
少し冷静になられた方がよろしいかと、御忠言申し上げます。
上記の画像も捏造に決まっています。STAP細胞は存在しないのだから、キメラマウスも存在しません。したがってキメラマウスが存在することを実証するための画像はすべて捏造です。上記画像はすべて捏造です。
実際にその画像を撮ったことは事実でしょうが、その画像をキメラマウスの実証実験のためと称して掲載したのは画像の使い回しです。したがって上記画像は若山さんによる画像捏造です。
仮にこの画像が捏造でないとしたらキメラマウスは実際に存在したことになりますが、それはありえません。したがってこの画像はすべて捏造です。正確には捏造というより使い回しですが、実質的には捏造です。
胚盤胞に注入されたSTAK幹細胞は何時の段階まで緑の蛍光を発し続けるのでしょうか？ 成体になっても蛍光を発するのですか。 理研発表にある画像のように胎児になっても、まだ、胎児全体がOct4遺伝子を発現し続けているのはなぜ当然なのですか。
これってノンスペレベルのシグナルじゃないの？？
あとFig.2gいについて。上が明視野、下が蛍光で同じサンプルを見ているんじゃないの？だとしたらなんで上と下で位置関係が変わってるの？？
免染に詳しい人、いたらご意見お聞かせください。
Fig.1bの件については自己解決。失礼しました。Fig.2gについては引き続きご教授お願い致します。
仮説大好き人間さん
キメラマウスでは恒常的にすべての細胞でGFPが発現するように遺伝子組み換えした細胞（cag-GFP）を使っています。ですのでoct4が発現しているわけではありません。
山梨大のHPには「先に共著者より提供され、キメラマウスの作製実験に用いたSTAP幹細胞を所有」とあり、小保方さんがただのES細胞をSTAP細胞と偽って渡した可能性もあります。
若山さんはキメラマウスや細胞を第三者に提供すると言っているので、ゲノムを調べて結果が出るのを待てばいいでしょう。
もっとも、STAP細胞のChIP-seqデータから多型を調べたら、酸処理後のSTAP細胞とされていたものはES細胞にそっくりな遺伝子型らしいですよ。好意的に見て手違いによるコンタミ、あるいは悪意あるすり替え。
RNA-seqだけなら、発現プロファイルがES細胞に似るのは初期化の証拠だ、と言えたかもしれません。Whole-genomeのデータは致命的ですね。
一般的にはなれないのですが、なれる株もありそうです。
Niwa (2010) Develop. Growth Differ. 52, 275–283
のFig.2に書いてあります。
さらに文章中の説明でも
Indeed, in the embryonic context, ICM from the very early stage blastocysts possess the ability to regenerate TE, but this is lost at later stages.
となっているので、胎盤の系譜に入っていくこともできるようです。
この細胞を樹立したのが、
Niwa et al. 2005 Cell 123, 917–929
かと思われます。
この株を作った丹羽さんがSTAP細胞論文の著者にも名を連ねていますので、ES細胞が混入する可能性は否定できません。
さっそく教えていただきありがとうございます。 oct4-GFP ではなく、cag-GFP と別のマウスから作ったstap細胞だったのですね。
そして、管理人さんの 2014年03月12日◆ 読者コメントの紹介（STAP細胞）の本文およびコメントを拝見して、さらに、理解が深まりました。
時系列認識が出来てないのでは？丹羽がこのプロジェクトに参加させられたのは若山のキメラ成功後ですよ。しかも、会見で自分の２００５年論文に触れて、普通のＥＳでは出来ないということを説明している。だから信じたと言ってますね。結論は逆で、だからＥＳ混入の可能性はないということでしょ？
＞この株を作った丹羽さんがSTAP細胞論文の著者にも名を連ねていますので、ES細胞が混入する可能性は否定できません。
丹羽氏がこれを否定しています。
実験してもできなかったと。
最近遠藤高帆さんがスタップ細胞の遺伝子解析の結果を論文発表して記者会見していますね。ＥＳとＴＳの９対１のコンタミではないかという結論らしいですね。論文まだ見つけてないので会見の中の説明だけですが、これも笹井、丹羽両氏が出来ないと言った手法なので、誰かこの手法で作って見せればいいと思いますがねえ。
結論だけ言うと、私は若山教授と小保方博士の実験は成功しているのではないかと推定しています。ただ、再現実験が成功していない、そういう状況と見ています。従って、もし実験が成功していたのなら、今回遠藤高帆博士の発表された論文はなぜそういう現象が起きたのかが新たな問題として解明されなければならない課題となるでしょう。また、嫌な結果ですが、実験が何年もかけて再現されなかったときは管理人さんの言うような、過誤と謂うことはありえないと思っています。つまりそのときには悪質なねつ造だと思います。第三者によるいたずらの可能性もあります。犯人は小保方さんだけとは限らないでしょう。
ねつ造ならまずは作って見せなければ事は始まりませんね。私は捏造キメラは若山教授に見破られずに作ることは出来ないと思っています。だから真実である可能性が高いと推定しているんです。
それまではできなかった。
バカンティのところで作り始めて５年間で２００回以上成功しているんでしょ。そのうちのキメラに成功したのは十数回か数十回程度ですね。キメラができたからそれまでのは全てＳＴＡＰ細胞だったということに彼女の中ではなったんでしょ。それは分かります。でもキメラ成功したのは全部ではない。従ってなぜあの時だけキメラができたのかが問題になります。若山教授の説明では塊で入れたからだ。ＥＳ細胞みたいにバラバラにしたら一度も成功してない。原因は塊で入れたことだ。だからそれ以前のも彼女の中ではＳＴＡＰ細胞だったのだということになったんでしょ。だから２００回成功している。この辺が余りに理解可能なんで嘘を感じないんですね。従って解せないという感想になるんです。
それまではキメラは何度やっても失敗で
そろそろ彼女のために諦めさせようかと内心思っていたと若山教授は告白している。
でも成功した。衝撃だったと証言してますね。
若山教授の中ではナイフで切り分ける古い手法でインジェクトした。だから成功したんだと信じたわけです。
どうして塊なら成功し、バラバラだと成功しないのかの分析はしなかったんですね。たぶん二人とも舞い上がったと思いますね。理研の幹部たちも舞い上がった。巻き込まれた文科省の役人たちも舞い上がったと思いますよ。たぷん私が関係者だったとしても舞い上がったでしょうね。世紀の発見ですよね。
それから何度も条件を変えながらキメラ造ったんでしょ。それが８株程度今でも凍結保存されている。全部成功したのではなく成功率が格段に飛躍したとされてますね。
容易に作ることができるようになって一件落着するでしょう。メデタシメデタシです。そのときに遠藤高帆博士の指摘したトリソミーがなぜ発現したのかに関して、データが別物だったとか、或いは培養中にＥＳ同様にトリソミーが発現したという発見があったり、また或いはトリソミーがあるにも関わらず生きて生まれてくることもあるのだというような驚くべき新しい発見があるのかも知れない。いずれにせよ、成功が確認されればその反証の物証の解釈は変わることになるでしょう。
受け取ったＳＴＡＰ細胞をマウスにインジェクトするのは若山先生の仕事だったんです。
それまで何度やっても失敗だったものを塊で入れたら成功した。そう若山先生は判断したんですが、では今まで失敗し続けてきたものは何だったのでしょうか。ズット同じ事をやってたのですか。いろんな試行錯誤を試してきたんじゃないですか。いつも作り方は違ってたんじゃないですか。それを知ってるのは小保方さんだけでしょう。若山さんは知らない。小保方さんは成功した日に何をしたか実験ノートに書いてませんね。
何かを変えたはずですよね。ＰＣの中にあるよね。それを発表してないでしょ。
キメラ段階ではありません。
若山さんも丹羽さんも作れなかった自家蛍光でないオクト4発現細胞は何だったのですか。シャーレの写真ではありませんよ。動画でしかも徐々にオクト４発現してくる細胞塊です。
ＥＳなんですか、それとも他の多能性細胞なんですか。そうだとしたら最初から蛍光しているでしょう。
これって何なんですか。どうやってねつ造したと思いますか。この動画が自家蛍光でないことは丹羽さんが証言していますよ。機械には同時に自家蛍光を見分ける装置は付随していると思いますがね。疑いもしないと思いますよ。
ねつ造したと考える人はこの機械でねつ造して見せて欲しいですね。
にもかかわらずこの段階ですら丹羽さんの追試は成功していないんです。もし、本物だったら小保方さんが作って見せるでしょうね。
そのときはなぜ本当のことを言わなかったのかということも聞いて見たいでしょう。
それは発表後の大喧騒を前にして、自分が作って見せるしかないと覚悟したからでしょうね。誰にも本当の作り方を知らせなかった最初の動機は本人も言っているように、又利根川進さんが証言しているように、他の研究者の追随を恐れたからでしょうね。それが自分が非難されるようになってますます身を守るためには自分が作って見せる以外にないと覚悟したということになるでしょうね。自分が小保方さんでも事態がこうなったらそう覚悟するでしょうね。この技術を持っている限りどこかで雇われる。理研に今まだ所属しているのもそれが理由で、本当のことを言ったら技術はたくみに盗まれてしまって自分は用なしになる可能性もあったでしょう。
ミューズ細胞は誰でも作れるんですから、作って見せて若山さんに渡してキメラを作ってもらって胎盤が光るかどうか確認し、かつ遠藤先生が書いてるようにトリソミーが出来てるかどうか確認すればいいんで、ねつ造を言う人はもっとまじめに偽物作って見せないと、、、、
議論をしたい方は，掲示板へどうぞ。
→ http://jbbs.shitaraba.net/study/12348/