本項については、いったん否定的に評価しましたが、あらためて肯定的に評価します。詳しくは、3月08日の項目をごらんください。
STAP細胞の実験手順が公開された。
→ STAP細胞の実験手順が公開
その後、さらに再現実験がなされたことも確認された。
→ STAP細胞の再現に成功
→ 理研広報室の公式確認
これで一件落着かと思ったのだが、前日、「TCR の記述が変更されたのは問題だ」という指摘がコメント欄に寄せられた。
→ STAP細胞の実験手順が公開 （コメント欄）
→ STAP細胞は真実らしい （コメント欄）
この件は引きつづきネットでも話題になった。
→ 「STAP細胞 TCR再構成は無かった」という話の衝撃
→ STAP細胞の非実在について
簡単に言えば、次のようになる。
「 STAP幹細胞では、分化した細胞が初期化されて、多能性を獲得したはずだった。その証拠に、分化した痕跡が見つかった」（論文）
「ところが、あらためて STAP幹細胞を調べたら、分化した痕跡が見つからなかった」（今回のプロトコル）
（ ※ STAP細胞でなく STAP幹細胞である。混同しないこと！）
ここで、「分化した痕跡」というのは、遺伝子が元の状態ではなくて、分化した細胞に特有の乱れた状態にあることを言う。これは不可逆だ。いったん分化したら、その痕跡を消すことはできない。だから、その痕跡の有無を見ることで、分化した経歴があるかどうかがわかる。
こう言っても、わかりにくいだろうから、私なりに比喩で示す。
細胞は、分化したときに、処女でなくなる。そのとき、処女を失った証拠として、処女膜がなくなる。
論文では、STAP幹細胞を見たら、処女膜がなくなっていた。だから「処女ではない」と結論した。
ところが今回、STAP幹細胞を見たら、処女膜があった。だから「処女である」と結論される。
前者では「処女ではない」と結論したのに、後者では「処女である」と結論される。これらは矛盾だ。どちらかが間違っていることになる。（ここまでは正しい。）
このあと、批判論者は次のように結論する。
「今回のプロトコルの記載が正しければ、論文は間違っていた！ 論文は、捏造か間違いか、どちらかだ。ゆえに、撤回されるべきだ！」
そんなに鬼の首を取ったかのように、いきり立たなくてもいいのにね。捏造論者は、いったん敗北したものだから、何が何でも自己の正当性を訴えたくて仕方ないのだろう。
しかし、冷静に考えれば、どうってことはないとわかる。
以下では私なりに説明しよう。
──
「どちらかが間違っている」と上で述べたが、もちろん、古い方が間違っていて、新しい方が正しい。つまり、次のことが正しい。
「 STAP幹細胞は処女である」
換言すれば、従来の記述は正しくない。つまり、次の記述は正しくない。
「 STAP幹細胞は処女でない」
では、この両者を、どう評価するか？
──
実を言うと、「 STAP幹細胞は処女でない」という説は、初めからおかしかったのだ。私は最初から「変だな」と感じていた。
まず、STAP幹細胞というのは、STAP細胞を特殊溶液につけることで、増殖能を獲得させたものだ。しかし、特殊溶液につけることぐらいで、増殖能を獲得させることができるものなのだろうか？ そんなに容易なのだろうか？ 「理研が開発した副腎皮質刺激ホルモンを含む多能性細胞用の特殊な培養液を使えば増殖可能」という当初の発表をそのまま信じたが、実はこれはかなり不自然なことなのである。なぜか？ 二つある。
(1) 原理との照合
私の説における、「 STAP細胞の原理」と照合するといい。
→ STAP細胞と細胞分裂 （原理・再現性）
→ STAP細胞の再現性が低いわけ
この原理に従えば、STAP細胞とは、「新たな機能を獲得した細胞」ではなくて、「単能性を失った細胞」であり、「壊れかけた細胞」である。そんな半病人みたいな細胞が、強力な増殖能をもつというのは、かなり不自然なことだ。
（ ※ 健康なムキムキマンが百人の女と寝るのは不自然ではないが、半病人が百人の女と寝るのは不自然である。）
(2) STAP幹細胞の量
STAP幹細胞の量は、限定された量にすぎない。つまり、STAP細胞のうち、STAP幹細胞になれるものは、ごく一部にすぎない。
STAP細胞を特殊な培地で培養することで一部の細胞が増殖する能力を獲得し、多能性と増殖能を併せ持つSTAP幹細胞へと変化します。iPS細胞やES細胞は多能性と増殖能を持つ「幹細胞」ですので、比較すべきはSTAP細胞ではなく、STAP幹細胞です。論文の記載によると分化細胞からSTAP細胞へ誘導すると、およそ８割の細胞が死滅し、生き残った細胞のうちの３分の１から２分の１が、つまり元の分化細胞の約 10％がSTAP細胞と考えられます。さらに、STAP細胞からSTAP幹細胞への変換効率は 10回に１、２回とあります。
（ → iPS細胞とSTAP幹細胞に関する考察 ）
約 10％がSTAP細胞で、そのうち 10回に１、２回が STAP幹細胞だ。つまり、全体の １〜２％だけが STAP幹細胞だ。
この数値は、Muse細胞の数値とほぼ等しい。
皮膚組織の１％というミューズ細胞の比率
（ → 日本経済新聞 ）
とすれば、STAP幹細胞になれるのは、Muse細胞（みたいな幹細胞）だけだ、と考えるのが自然である。
──
以上のことからして、「 STAP細胞を特殊溶液につけることで、増殖能を獲得させる（ STAP幹細胞にする）」ということはあまりにも不自然だ、とわかる。
では、真実は？ 次のことだろう。（仮説）
「 小保方さんの方法で STAP細胞を作ることはできる。しかし、小保方さんの方法で STAP幹細胞を作ることはできない。正確に言えば、その方法で作られる STAP幹細胞は、全体の一部だけである。それは、もともと幹細胞の能力を持っていたものだけである」
──
図で示すと、次のようになる。
体細胞 STAP細胞 STAP幹細胞
一般細胞 □ → ⇒
一般細胞 □ → ⇒
一般細胞 □ → ⇒
一般細胞 □ → ⇒
一般細胞 □ → ⇒
一般細胞 □ → ⇒
一般細胞 □ → ⇒
一般細胞 □ → ○ ⇒
一般細胞 □ → ○ ⇒
幹細胞 ■ → ● ⇒ ★
（手順） （培地）
一般細胞 □ は手順によって、一部だけが体細胞から STAP細胞 ○ になる。さらに培地にひたすと、何も起こらない。（しだいに死滅する。）
幹細胞 ■ は手順によって、体細胞から STAP細胞 ● になる。さらに培地にひたすと、STAP幹細胞 ★ になる。
全体の 99％は、元が一般細胞であり、全体の １％は、元が幹細胞である。
全体 100％のうちの 10％は STAP細胞になる。そのうちさらに１％だけが STAP幹細胞になる。ただし、 STAP幹細胞になれるのは、元の細胞が幹細胞であった場合に限られる。元の細胞が一般細胞であった場合には、STAP細胞は STAP幹細胞になれない。
以上のように考えれば、すべては説明が付く。
（ ※ 図では例示した個数が足りないが、100個も並べて描くわけには行かないので、簡略化した。ご容赦ください。）
──
結論。
次のように推定できる。
「 小保方さんの方法で STAP細胞を作ることはできる。しかし、小保方さんの方法で STAP幹細胞を作ることはできない。正確に言えば、その方法で作られる STAP幹細胞は、全体の一部だけである。それは、もともと幹細胞の能力を持っていたものだけである」
小保方さんの方法で細胞が「多能性を獲得した」というのは正しい。その意味で、STAP細胞はまさしく存在する。 とはいえ、「その細胞がさらに増殖能をも獲得して STAP幹細胞になった」というのは、否定される。正しくは、「もともと幹細胞であったものだけが、さらに増殖能をも獲得して STAP幹細胞になった」である。
この場合、幹細胞は、分化した細胞（非処女）ではない。つまり、処女である。だから、処女膜がある。……そのことは、今回の実験（プロトコルに記載されたもの）で判明している。
イメージ的に理解するには、オルレアンの処女（ジャンヌ・ダルク）を思い浮かべるといい。
オルレアンの処女は、強力だった。その強力さは、彼女が処女であることに由来した。処女であればこそ、ほぼ万能になれた。それを見て、他の女性が「われもわれも」と真似をしようとしたが、同じことはできなかった。なぜなら、他の女性は処女膜がないからだ。処女膜がない女性は、オルレアンの処女という万能性をもつことはできないのだ。たとえ同じ手順で化けようとしても。
「同じ手順を施せば、どの女性もみんなオルレアンの処女になれるはずだ」
という思い込みは、成立しないのである。99人は非処女であり、処女は１人しかいなかった。この状況で、
「同じ手順を施せば、100人が 100人ともオルレアンの処女になれるはずだ」
と思っても、そんなことは成立しないのである。
それでも、オルレアンの処女だけは、処女だった。だから彼女は、オルレアンの処女になれた。
ところが、日本のネット界には「捏造厨」と呼ばれる人々がいる。彼らはこう主張する。
「同じ手順を施せば、100人が 100人ともオルレアンの処女になれると思ったのに、そうならない！ ゆえに、オルレアンの処女は存在しないのだ！ ただの１人として、オルレアンの処女は存在しないのだ！」
いやいや。100人に１人は存在するんですよ。99人の非処女と、１人の処女とは、もともと違うんです。その違いを理解できない人が、勘違いをしているんです。
［ 付記１ ］
本項の説明は、あくまで仮説です。「こうすればすべては整合的に説明が付く」という仮説。はっきりと実証されたわけではありません。
ただ、「おかしなところがあるから捏造だ！」とヒステリックに叫ぶ人たちにたいして、「おかしなところなんか何もないよ」と示しているだけです。
真実性を示しているというよりは、虚偽性を否定するものです。（虚偽性が否定されたからといって、真実性が確認されたことにはならない。未定という状況もある。）
［ 付記２ ］
なお、最悪の場合でも、STAP幹細胞は存在性を否定されるのではなくて、「選別されただけ」となるので、STAP細胞の存在そのものが否定されることにはなりません。どっちみち、一部の否定があるだけです。全面否定はありません。「 STAP幹細胞の説明の一部が修正される」というだけです。
［ 付記３ ］
「全体の１％しか STAP幹細胞になれないのか。それっぽっちじゃ意味がない」
という批判もありそうだが、そんなことはない。どっちみち増殖能があるのであれば、１％から大幅に増やせるので、さして問題はない。
［ 付記４ ］
それよりは、次のことの方が興味深い。
理研が開発した副腎皮質刺激ホルモンを含む多能性細胞用の特殊な培養液を用いることでSTAP細胞の増殖を促し、STAP細胞からES細胞と同様の高い増殖性（自己複製能）を有する細胞株を得る方法も確立しました（図7）。この細胞株は、増殖能以外の点でもES細胞に近い性質を有しており、キメラマウスの形成能などの多能性を示す一方、胎盤組織への分化能は失っていることが分かりました。
（ → 理研プレスリリース（STAP細胞） ）
STAP幹細胞は、STAP細胞としての性質をかなり失っており、ES細胞にかなり似ている。この性質の方が、興味深い。
なお、これもまた、未解決の問題である。ただ、未解決の問題があるからといって、「 STAP細胞という業績そのものを否定してしまえ。この論文を撤回させろ」ということにはならない。それはあまりにもひどい暴挙というものだろう。
他人の偉大な業績は、素直に認めて上げたいものだ。足を引っ張るばかりが能じゃない。
（ ※ 能がない人は、多能性細胞が嫌いなんだろう。）
【 追記１ 】
元の論文の間違いは、なぜ生じたか？ 捏造したのか？
いや、たぶん、ただの実験ミスだろう。ものすごく大量の実験をしたのは明らかなのだから、ちょっとは実験ミスをすることもあるだろうし、記載ミスをすることもあるだろう。性格からしてそそっかしい性格らしいし、20代の女性に完璧を期するのは要求のしすぎというものだ。少しぐらいのミスは許してあげましょう。気づいてから訂正すれば、それで良しとしてあげましょう。
【 追記２ 】
STAP細胞は、初期化したと言えるのだろうか？
これはちょっと簡単には言えない。
当初は、次の発表だった。
「簡単な操作で STAP細胞ができる。 この細胞は、幅広い万能性をもち、増殖も可能だ」
しかしこれは成立しない。幅広い万能性をもつのは STAP細胞であり、STAP幹細胞ではない。（ STAP幹細胞は ES細胞と同程度の多能性しかない。）一方、STAP細胞は増殖能をもたない。
整理すると、こうだ。
・ STAP細胞 …… 万能性 ○ ， 増殖能 ×
・ STAP幹細胞 …… 万能性 × ， 増殖能 ○
一長一短の形となる。
STAP細胞は万能性があるが、これは初期化したせいというよりは、単能性を失ったせいだ。（私の仮説）
STAP幹細胞は多能性と増殖能があるが、これは初期化したせいというよりは、もともと処女であるせいだ。（初期化したというのは、非処女が処女になることだが、それはありえない。）
STAP細胞には大きな多能性（万能性）があるが、それは、初期化という概念とは違う概念によって考える方がいいだろう。iPS細胞とはいくらか違うようだ。
【 追記３ 】
STAP幹細胞になる元の細胞は、（Muse細胞のような）幹細胞とは限らず、単に増殖能をもつだけの細胞もありかも……という見解が、コメント欄で寄せられた。
なるほど、と思ったので、ここに紹介しておく。
【 関連項目 】
→ STAP細胞と iPS細胞の統合
→ STAP細胞と iPS細胞の類似
う、うまいっ！ ザブトン１０枚・・・
<FONT COLOR="#dd0000">【 追記２ 】</FONT> で解説しておきました。
そうですね。
「未解決の問題である場合なら」ば！ですね。
そうでない事柄をも含むならば、言わずもがなですね。
管理人さんはSTAP幹細胞の存在を信じていたようですが、残念でしたね。
いや、私はそうは思いません。元々STAP幹細胞はかなり怪しいと思っていた。STAP細胞の方が大事なのであって、STAP幹細胞なんかはどうでもいいです。STAP幹細胞は実用の面では重要だが、科学性の意味ではSTAP細胞の方がずっと重要です。
何だったら、元の論文から、STAP幹細胞の箇所は全削除してもいい。それでもSTAP細胞だけでノーベル賞の価値はあります。燦々と輝く価値。
たいていの人の興味は、臨床に使えるかどうかなんだろうが、私にとって興味は「生命とは何か」です。この意味では、STAP細胞だけが重要であり、STAP幹細胞なんかはどうでもいいです。そっちはiPS細胞に任せたって構わない。
iPS細胞は、臨床には強力だが、「生命とは何か」にはほとんど影響しません。
（ ※ 最初は STAP幹細胞に目を奪われたが、原理を考えたあとでは、STAP細胞の方を重視するようになった。）
ただ、STAP幹細胞の由来がmuse細胞の様な幹細胞だけというのは違うかもしれません。
FACSでT細胞を分離した際、増殖能を持つ未分化な血球細胞も少量混じっていると論文には書かれています。このようなもともと増殖能をもつ（幹細胞ではない）血球細胞からSTAP幹細胞が生じた可能性もあると思います。
>heikokutohさん
今のところ分化したT細胞からはSTAP幹細胞は生じないようですが、STAP細胞ができるのであれば細胞の初期化にあたるのではないかと思っています。
追加で発表された実験手順の中ではクローン化したSTAP幹細胞ではTCRが観察されなかったとあります。STAP細胞でのTCRを否定したものではありません。
分化したT細胞からもSTAP細胞が生じたのであれば、それが増殖しなくても細胞の初期化が起こった事実に変わりはありません。
ただ、STAP細胞から生じたというマウスが本当は少量混じっていたSTAP幹細胞のみから由来しているということがなければですが。
他のサイトでも言われていることですが、STAP細胞から生じたマウスでＴＣＲが確認されれば一番良いのですが。実験していないのでしょうかね？
今後、STAP細胞の増殖条件が確率すればSTAP幹細胞にこだわらなくても様々な研究に応用することが可能になると思います。
追記２を拝見しました。
増殖能と初期化とは関係ないように思います。
現在の培養条件では増殖しないというだけであって、そもそも本当に増殖能を失っているのであればキメラマウスを生じないからです。
いや、私はそうは言っていません。論文の仕方で単に分類しているだけです。
＞ 増殖能と初期化とは関係ないように思います。
私は別に、特に何も言っていないです。【 追記２ 】では
＞ これはちょっと簡単には言えない。
＞ iPS細胞とはいくらか違うようだ。
ぐらいしか言っていません。特に何も言っていないと言える。
STAP細胞の正体に関しては、私もほぼここの記述の通りの認識です。多能性細胞は存在するのでしょう。
その上で、（これ以上は管理人さんとはおそらく平行線でしょうが）、私の考えを述べさせていただきます。
図やデータの流用、改ざんが疑われていますが、これはNatureの見解を待つべきでしょう。ただし、胎盤画像の誤植はまだしも、泳動像の切り貼りやChIP-seqデータの扱いなどが事実であれば、研究者としての倫理観を疑います。
訂正するかしないか、あるいは取り下げか、これも投稿規定に則って決められることでしょう。ただし、前項にコメントしたように、論文の主義主張を変えることは、エラッタの範疇ではないということです。
この論文は、「多能性細胞がある」という論文ではなく、「体細胞がリプログラミングする」という論文です。
理研の追試結果が出た今なお私がこの論文に否定的になるのは、STAP細胞の存在が否定されるかどうかを議論しているからではありません。「リプログラミングかどうか」という議論です。
> 訂正するかしないか、あるいは取り下げか、
私としては、そんな下らないことはどっちでもいいです。STAP細胞が事実であるか否か（捏造による虚構なのか、現実なのか）という点だけが重要です。論文の書き方の良し悪しには興味がありません。
その発見の重要さを自覚しているほど、己が一番の批判者となって、果たして自分の唱えた説が正しいかどうか、様々な角度で検証するものです。
小保方さんは最初の論文rejectの後、「STAP幹細胞の信じてもらえなくて泣き明かした」と言っています。
他者の指摘をまず理解しようとせず、結論ありきで物事を捉える姿勢は、理系の人間にはそぐわないものです。
小保方さんはSTAP幹細胞の存在を信じてやまないばかりに、今回のような誤認を犯したのだと思っています。
師のアイディアを具現化しようとする努力家ではあると思いますが、天才とは程遠いかと思われます。
結論ありきでものを言うところは、管理人さんも良く似ているかと思います。その意味で、小保方さんと管理人さんは肌が合うのかもしれません。一連の記事を読んでの感想です。
それだからこそ、あの強力な迷路を突破したのでしょう。他の人々はあっさりギブアップした（たったの数日間でギブアップした）のに、彼女だけは決して諦めなかった。
これは、巨大な難問を解決した天才に共通する姿勢です。たとえば、フェルマーの大定理の解決者。
ついでに言えば、「捏造に決まっている」という批判に逆らった私も、「おれたち専門家の批判を聞こうとしない素人め」と私は非難されていたみたいですね。捏造説になびかなくて、ごめんなさい。
そう言えば、本項もまた大多数に逆らっていますね。逆らってごめんなさい。
しかも生後すぐという特殊な個体でしか再現できないなら、STAP細胞にノーベル賞の価値はないですよ。もう少し冷静に評価を下すべきです。
というような評価ですね。
あと、逆らってもいいんですよ。内容が正しく説得力があればね。間違いが判明した場合の対応に人間性が出ますよね。
手順を実行するのが簡単なのであって、手順を発見するのが簡単なのではありません。
実行だけなら、iPSよりも圧倒的に簡単でしょう。遺伝子注入なんかしないんだし。
＞ 追試に失敗した研究者を笑う
やたらと誤読・曲解ばかりみたいですよ。
フェルマーの最終定理やら、フォークボールやら、例えがあまりお上手でないようですね。
ワイルズは証明に欠陥がないかどうか、目を皿にして検証したはずですよ。小保方さんにはその反証の心理が欠けていた、ということです。
ほんとに？ 初期化があったという仮定の下で、「細胞生物学の数百年の歴史をくつがえした」とも言われるぐらいなのに？
私の仮説では、「半分だけの初期化があった」ことになるので、「細胞生物学の数百年の歴史をくつがえした」は十分に成立します。
ノーベル賞はともかく、それに準ずる賞は確実だと思いますね。だいたい、ノーベル賞は通常、 iPSクラスじゃない。iPSはノーベル賞のなかでも特大級です。普通はもっと小さな業績に与えられます。
そのくらいの水準は十分にクリアしていると思いますよ。
管理人さん見苦しいですよ。
素人が変な喩えや仮説持ち出したところでね。
黙って待ちましょうや、答えが出るのを。
まだ理研の発表から間もない今、鬼の首を取ったように
STAP細胞万歳するのも、捏造論者がやってることとあまり変わりませんぜ。
定説を覆すにはデータが必要で、データがない今の段階では、STAP細胞と呼んでいる細胞は、幼若な細胞群にあった全能性幹細胞を酸を使って選択したものである、と考えるのが妥当です。この場合驚くべき新奇性があると言われるとあまり無いでしょう。
STAP細胞の重要性を論じるのは体細胞由来であるというデータが出てからでも遅くはないと思います。
管理人さんの言っているのは理研側の説明と同じ。
STAP細胞はできるが、STAP幹細胞は存在しない。
マウスの胎盤になったのは、もともと存在した
幹細胞と。ついに言ってしまいましたね。
いずれ間違いがわかるでしょう。
DNA配列の解析から、STAP細胞自身の多能性も否定されてんですよ。
理研のこれまでの対応と今後の筋書きを予見しましょう。
以前
「刺激によるSTAP細胞の作製→STAP幹細胞の選択→胎盤へ分化」
今
「刺激によるSTAP細胞の作製」＋「元もとあった幹細胞による胎盤への分化」
今後
「多能性細胞の作製はできた→でも実はストレスで初期化されたわけではなかった→気づかなかったの、ごめんね」
＋「間違ってたから論文は撤回するけど、責任は追及しないでね。」
これが今後の展開。
ちなみに、GEOの生データを報告しないのは、規則違反です。都合が悪いから載せないと思われてもしょうがないでしょうね。
（GEOを見ればSTAP細胞とSTAP幹細胞が何かが一発でわかる。）
もしこの展開通りになったら、日本の研究は終わり。
私は最初から全部捏造・創作でSTAP細胞なるものは無かったのではと疑っています。
無いものを出せと言われて困ったので、
muse細胞を持ってきてSTAP細胞と勘違いしたことにしようとしているのが
理研の筋書と予想するのは穿ちすぎでしょうか？
先のプロトコール公開が「捏造」を「勘違い」に持っていく布石であるという意見には同感です。
でも、小保方さんみたいな天才も日本にはいるから理研があるうちはまだまだ安心ですね。
よかったよかった。めでたしめでたし。
小保方氏は、リーダーから降格され、丹羽チームの傘下にただの研究員として組み込まれて、論文不備の責任をとって、降格人事を行ったとして、一件落着とするのかなと。
論文についてはとにかくNatureの判断待ちでしょう。
ここまで、議論を醸し出している事に、検証をやらされた丹羽先生まで嘘をつくとは思えないので、STAP細胞は正しいんじゃないですか？
やつが『天才』なのかよ。
天災の間違いだろう、日本にとって。
あなたにとってはSTAP細胞が存在するかどうかに興味があるのであって、論文の書き方は問題でないのかもしれない。
しかし我々研究者はただ実験データをとればよいのではなく、それを論文として正しく報告するというところに責任があるんだ。
そしてそこには、ジャーナルの投稿規定であったり、個々の倫理観であったり、あるいはビッグジャーナルであれば論文の新奇性であったり、様々な基準が存在する。
それをあなたの物差しで、ノーベル賞だとか、反対派は能がないだとか、勝手なことを言ってくれるな。
多能性「獲得」だからこそ、細胞生物学の歴史を揺るがすと言わしめた大発見なわけで。
たとえ多能性細胞が存在するとしても、これが「選別されただけ」であればNature級の発見とは言えないだろう。
もちろん選別だとしてもそれも成果なので、その方向で書いて内容に問題が無ければ、別のジャーナルには十分載る。
ある事柄に対して、あぁ正しいね、そうだねと言う人ばかりだと、本当に正しいかの検証がなくなります。
嘘だと思っている人に対して、正しいと証明するから正しい事が明らかになる訳です。
頭が固い否定しかしない人は、放っておくしか有りませんが。
小保方氏もNature査読者に侮辱されて否定されたから、正しい事を証明するために精魂込めて実験した結果、世にでたのですから、否定する人を責めても科学は進歩しません。
また、今回も再現出来ないと否定されたから、新たなプロトコルが判明したわけです。
Natureの論文が否定されたから、真偽が加速したとも言えます。
ただ、そこに嘘があっては困ります。
是非、建設的な意見を。
生まれてしまった物を存在しないと言ったところで、何になるというの？ すでに存在してしまっているというのに。
なぜそう言えるって？ ここを見ていたら思わない？ 研究者は研究に嘘はつかないって。「再現性の確認は研究者の常識。いろはのい」なんでしょ？
だから私は信じているだけですよ。理研を含む、日本にいる多くの研究者の方々を。
ここをずっと見てますが、誰も「私もできた」って言わないですよね？ 一言言うだけですごい注目してもらえますよ。なぜ誰も言わないのですか？ 嘘でも嘘をつきたくないからでしょう？
逆に教えてほしい。ここで真剣にSTAPについて考えている人たちのどこに悪意が見えるの？ 正誤にかかわらず、みな真剣で、嘘なんてついていないでしょ？ 正反対のことを言っている人がいて、どちらかが結果的に誤りだったとしても、どちらもそれぞれ正しいと信じているのでしょ？
真摯な人が嘘なんてつこうはずがないじゃないですか。むしろなぜ理研だけが嘘つきだって思えるの？
みんなやっているのに「理研だけは再現性を確認しない。いろはのいをしない」って？ どうしてそんなことが信じられるの？
ここを見てるとガリレオとその周辺みたい。あれからもう400年が過ぎたのに、天が動いているのではなく地が動いているって教えてもらったのに、なぜまだ地球が世界の中心だって言うの？
このブログの趣旨は科学的なことについて書きたいのか、己の考えの正当性を誇示したいのかどっちなんですか
STAP細胞への疑いが高まったときに主張を変えなかったのには感心しましたが、ここにきての「私は初めからそう思ってた」「実は疑っていた」「曲解だ、読み手の誤解だ」みたいな発言は小学生の口論のように感じます
人格否定をするつもりはありません。ただ擁護派だったために、直接的な批判をのらりくらりとかわそうとする態度を残念に思いました
A.おにぎりがもっともおいしいのは梅干しだ
B.いや、その理屈はおかしい
A.すまん。ご飯に少量の塩をあらかじめ混ぜる必要があった
C.塩と言っても多すぎたらしょっぱくて、少なすぎるとわからない。これでは最高のおにぎりが作れない。
D.おかかこそが至高
E.Aが言うことは正しい。ただ、梅干しが決め手ではなく、大切なのは「塩分」だ
F.塩分がなんだというのだ。体に毒じゃないか。それにそれなら「おかか」でもいいはずだ
G.梅干し説は間違っていた。A.はおにぎり教会の権威を傷つけた。
A.Eも間違っている。大切なのは塩分に含まれる「ナトリウム」だ
H.なぜ「ナトリウム」が大切なんだ
I.いやいや、ーーのマグネシウムが大切だ
J.どちらも大切だ。大切なのは「ミネラル」だ
K.「ミネラル」って何だ！？
L.ミネラルとは「無機質」のことだ。
M.いや、金属なんて食べたら腹を壊すだろう。
L.いや、そうじゃない。正しい取り方という物があるのだ。それが梅干しだったり、おかかだったりする。
N.つまり「梅干し」も「おかか」も最高ってことか
O.ツナマヨうめー
CHIP-seqのデータについて述べている人がいますが、厳密にはじめのNatureを見る限りここで用いているSTAPとそれから由来する細胞のそれぞれのTCRリアレンジメントを確認したという表記はどこにもないとおもうので、STAP細胞（初期化したと思われる）細胞からできたもの各々であってそれがこのデータ単独ではTじゃなければいけない決定的な証拠はない。これがミスリードだと言われればそうかもしれませんが。もちろんNatureがそこまで求めるというのであればリバイスとか追加で求めるべきだが、peer-reviewの段階ではそこまでは求められていないのであくまでNatureの判断次第。これがないと論文としてダメかどうかというのは読んだ人の評価しだいで、実際TCRリアレジした細胞だけでCHIP-seqをやるのはSTAP由来の4Nマウスでも使わないと難しい気がします（STAP幹細胞が作製できないとするならば）。
Nature Articleのfig.1のTCRリアレンジメントとサプリについてですが、そもそもSTAP細胞かあるいは出てきたOCT-4 positiveのクラスターの何処かに含まれるというにすぎないので完全な否定は出来ない。OCT4 positiveの細胞とかSTAPクラスターの場合0.1%でもリアレンジするなら検出できてもおかしくないように思えるし。それなら筆者らの考えているSTAP幹細胞への移行では"negative-like selection"が起こって8ライン程度確認しただけでは確認できないというのも一応理にかなってはいる。1/100でもとにかくリアレンジされたもの由来のSTAP細胞が”たまたま”確認できれば最終的には事実になります。とは言ってもSTAP幹細胞はもとより、fig.1のデータが切り貼りされている可能性がある以上、ここをきちんとやり直すことを指摘されるとNatureとしてはそこは議論していないとしても最終的には納得しない可能性も高い。
作製が想像以上に難しいとか、若いマウスでなくてはインパクトが低いという点に関しては人によるかもしれないですが、個人的には「リプログラムする」という事実が有るのであればSTAP細胞レベルでもとりあえずすごいことだと思いますけどね。効率とかそういうのをはじめて遺伝子導入等なしでやったという報告の論文に求めるってのは何となく酷で、むしろ難しくても客観的に起こっていることが事実なら（別のラボでもとにかく再現可能なら）、より有効な条件を探して効率をあげることが次のステップなわけで、別に皆が治療応用とか、遺伝子導入によるiPS細胞以上の働きにしか興味ないわけではないとおもうのですが、、、、。それで、最終的に治療に使えるかあるいは現象論として単に面白いだけかというのはまた別の話なきがします。一般受けしないかもしれないですが。
「体の中に残っている万能性細胞」という意味では似たような論文は過去にも色々でているのでその場合はNatureといえるかは微妙なところですが、これまでのそれらの論文では万能性の証明に至っていないのとtotipotencyの議論は全く新しいので、2つのNatureを1つにするぐらいの価値はあっても良いと思いますけどね。
個人的には、効率とか難易度とかよりもこれが事実であってくれた方がサイエンスとしてはわくわくするので嘘だったら残念なんですが、他の同業者の皆さんは結構批判的なんですね。
私はもう今となっては、STAP細胞捏造を確信しています。ただ、現時点で公表された結果では、管理人さんのいうことに一理はあります。
「外的な刺激でだけで分化した細胞が初期化されるのであれば大発見である」。
その通りです。ただね、これも間違いだったらどうします？？もう何も残りませんぜ。
DNA配列の解析結果は「幹」細胞だけでなく、STAP細胞そのものの存在もクロだと主張しています。
一方、理研で公開された手順の責任者が丹羽さんになっているから、恐らくこのプロセスで緑色に蛍光した細胞が得られると思われる。
とすると答えは１つ。公開された手順で得られる細胞は、「外的刺激とは無関係で」元々存在した幹細胞であるか、何かの理由で蛍光色素が反応した、ただの細胞。STAP細胞など存在しないのです。
ＳＴＡＰ細胞が存在根拠として、電気泳動の図を張り付けているのだから、少なくともその存在根拠を示す重要性を著者達は認識していたはずです。それなのに、その根拠となる図をわざわざ「加工していた」上に、クロかシロか判断できるGEOデータを「natureの規定に逆らって」載せてないわけですよ。もう、捏造を疑われても文句言えないでしょう。
まあもっと詳しく解析すれば色々とボロがでてきますよ。
本項のテーマは TCR です。それが矛盾なく説明できることがテーマです。STAP細胞が真実か否かは、本項ではテーマとなっていません。書きたい人のためには、次項を用意するので、そっちに書いてください。
ChIP-seqによるとTCRはSTAP幹細胞だけでなくSTAP細胞においても確認されていません。
この点は(管理人様も含めた)共通理解ということでよろしいでしょうか？
しかしながら、管理人さんはこのブログで科学的に論文を精査し議論して結論を明確にしようとなさっているというよりは、真偽に拘わらず内容を筋道だてて読み解き類推して一つの案を見出すという、どちらかというと現代文の試験の解答例を作りその解法を自ら解説するといった感じのことをなさっているようですので、論文自体はあくまで「問題の本文」であって、その質や信憑性に重きを置いていないのでしょう。
例えが適切であるかは分かりませんが。
一部の読者とははなっから認識が異なるように思えますので、コメントされる方は違いを認識された上で書き込まれるべきかなという気はします。
傍から失礼いたしました。
＞真摯な人が嘘なんてつこうはずがないじゃないですか。むしろなぜ理研だけが嘘つきだって思えるの？
＞みんなやっているのに「理研だけは再現性を確認しない。いろはのいをしない」って？ どうしてそんなことが信じられるの？
すでに既出なので、あえて出すのもどうかと思いますが、勘違いをなさっているようなので、テーマ外ですがコメントします。
論文投稿規定を守ると言う事も「研究のいろはのい」です。
１．画像の加工修正は絶対にしない！
２．生データの登録を行う！
３．論文中の文章を抜粋して引用する場合は、引用文献として記載する！
少なくとも、この3点で違反は、絶対にあってはならない違反であり、論文掲載が撤回されても言い訳できないレベルの話なので。
上記が、今回、小保方氏らの論文で行われたと言う事ですから、「理研が」と行っているのではなく、「小保方氏らが」と言っているのです。
このような違反をする研究者は信用できないと言っているだけですね。
SATP細胞が真実かどうかとは関係の無い話です。
「STAP細胞の議論」に追加コメントしておきます。
そもそも原論文の根幹に関わる大きな間違いが「原論文の実験方法です」という「文章」によって指摘されているわけですから。
プロトコルは査読がないので「最新のものが無条件で正しい」とはできません。iPSねつ造の森口氏も、プロトコルには投稿してますよね。
「最新のものが正しい」ためには、「同じ土俵で前回のものを修正する」が必要です。
そうでなければ、１）ねつ造ででっち上げる ２）後出して適当に修正を加えて、もっともらしいものに仕立て上げる、という方法論も正しいということになります。
両方矛盾ないような仮説を立てること（管理人さんの手法)と、ねつ造説、論理的には区別はつけられません。
そもそも、STAP細胞とSTAP幹細胞の違いをしめした原論文も、実験などしていないねつ造が強く疑われる恐ろしいことが書いてあるのですから(Fig5 c。120日で人間10^50人分の細胞って...)。それをもとにSTAPだの、STAP幹だのいってみたところで、全て空論です。
まずは実験をしたという確たる証拠。そして、10^60個もある細胞を提出すべきです。とはいっても、提出する必要などなくて、地球上全ての原子は、STAP幹細胞の極一部(10^50程度)ですから、いまこの瞬間にも目に入ってくるはずなのですが...。
これだけ、手法にも、写真にも、数字にも誤りだらけのずさんな論文ですから、どうやっても結論が正しいとするわけにはいきません。
まずは原論文が深刻な間違い（もしくはねつ造）を抱えているという出発点をしないと、科学的ではありません。
マウスES細胞は非常に増殖が速く、おおざっぱにいうと、12時間に1回の頻度で分裂します。ですので、120日間の培養だと2の240乗増える計算です。
あくまで計算上の数値です。
本サイトを読んでいない人のために最初からていねいに解説するほど暇人じゃありません。わからなければ自分で調べれば？ そもそも、どうでもいい話題だし。
どうやら私は管理人さんの機嫌を損ねてしまったようです。
万が一、管理人さんの気が変わって、私の疑問に答えて頂けることになった場合に、管理人さんの説明の手間を省くために（もしくは、管理人さん以外の方にもこの問題を考えて頂くために）、ここで私の疑問点をできるだけ明らかにしておきたいと思います。
TCRの組み換えというのは、Ｔ細胞の分化において幹細胞由来のゲノムの一部を切り捨て、遺伝子の配列を様々に変化させることです。小保方さんの実験ではこれを利用して、ＳＴＡＰ細胞の遺伝子からＴ細胞特有の遺伝子配列を検出することで、この細胞がかつてＴ細胞に分化したことがあるということの証拠としたわけです。
この組み換えの際、切り捨てられた分の遺伝子は保存されず、細胞から失われてしまいます。よって、一度分化したＴ細胞が分裂すると、その娘細胞も母細胞と同様に組み換え済みの遺伝子を持つことになります（切り捨てられた分の遺伝子を復元しようにも、その情報が細胞内のどこにも存在しないので、復元しようがない）。
私の疑問は、『管理人さんの「娘細胞説」を採ったとすると、細胞分裂直後のＴ細胞にストレスをかけることでＳＴＡＰ細胞ができるわけですが、もともとがＴ細胞であったこのＳＴＡＰ細胞の遺伝子は組み換え済みであるはずなのに、そのような組み換えが見られないのはなぜか』ということです。
ストレスをかけることで切り捨てられた遺伝子が復活する、ということなのでしょうか？
だとしたらこれはとんでもない大発見です。
単なる酸性刺激（もしくは管理人さんの説によれば圧力刺激）が、どのようにして、細胞から失われてしまった遺伝子の情報の復元を可能にするのでしょうか？
私が聞きたいのはこの点に関する管理人さんの考えなのです。
ＳＴＡＰ細胞にTCR組み換えがないという報告に対する見解として「娘細胞説」を出された管理人さんは、この謎に対して何らかの答えを持っていらっしゃるはずです。
残念ながら、私の不躾な態度のせいで、管理人さんからその答えを頂くことは難しくなってしまったようですが、どなたか、この疑問に答えて頂ける方がいらっしゃったら、返答していただけると幸いです。
＞Posted by とおりすがった人 at 2014年03月08日 11:36
に対しては、真摯に対応されることを望みます。
次項の「STAP細胞の議論」は、
＞ STAP細胞の真実性について議論したがる人が多いので、コメントを書くための欄を用意しました。自由にお書きください。
とのことですので、もし管理人さんが引き続き回答を拒否されるようでしたら、そちらへ移動して、他の読者の方と議論するのも一案かと思います。
＞ Ｔ細胞であったこのＳＴＡＰ細胞の遺伝子は組み換え済みであるはずなのに、そのような組み換えが見られないのはなぜか
そんなこと、わかるわけがないでしょうが。圧力説や娘細胞は、それがわかるよりもずっと前に出された仮説です。
＞ 回答を拒否される
拒否じゃないの。過去の時点で未来のことまですべてわかるわけがないんですよ。私は未来を見通す神様じゃない。
私のことを「全知全能の神様だ」と前提した上で、「答えないのは不誠実だ」というんですか？ 馬鹿馬鹿しい。
「今すぐ真相を教えろ」
という要求をするなら、本サイトでは回答は無理なので、占い師のところへ行くべきです。
そもそも、現時点での私の公式見解は「保留」です。別項で示した通り。はっきりと「保留」と表明しているのに、「明確な回答を出せ」と要求するなんて、どういう理屈なんだか。呆れる。
ご指摘ありがとうございます。この部分については、矛盾ないということで慎んで指摘を撤回いたします．
現時点では、娘細胞説は保留ということですね。
了解しました。
誤解があるようですが、私は管理人さんを「全知全能の神様」だと考えてはいませんし、また、削除されたコメントでもはっきり書いたように、「明確な回答を出せ」と要求してもいません。
現時点で「娘細胞説」ではTCR組み換えの問題を説明できないと考えていらっしゃることには、何の異議もありません（意見を柔軟に変更することはむしろ美徳とされるべきことだと思います）。
ですが、もともと、管理人さんがTCR組み換えの問題に対する見解として真っ先に「娘細胞説」を出された時点では、この説で問題点を説明できると考えていらっしゃったはずです。
なぜなら、もしそうでないなら、問題点を説明できないとわかっていながら「娘細胞説」を見解として出したという、意味不明なことになってしまうからです。
私は、管理人さんを「全知全能の神様」だとは思っていませんが、少なくとも、そのような不誠実なことをされるかたではないと確信しています。
一方で、上記の私の説明にあるように、TCRの組み換えは娘細胞に伝わりますので、「娘細胞説」でTCR組み換えの問題点を説明するのは困難に思えます。
私は、管理人さんを「全知全能の神様」だとは思っていませんが、少なくとも、その程度の難点を認識するぐらいの知識と論理性はお持ちのかただとも確信しています。
つまり、結論としては、管理人さんは説明の困難をわかっていながら、それでもTCR組み替え問題を説明しうるものとして「娘細胞説」を提示された、ということになります。
私がお聞きしたかったのは、現時点での「明確な回答」ではなく、この時点で、管理人さんがどのような説明を考えていらっしゃったのか（そしてなぜそれを放棄されたのか）ということなのです。
「娘細胞説」は非常に魅力的ですので、管理人さんの一存で保留にされてしまうのは、非常に残念に思います。
保留にされる過程の思考を公開してオープンに議論することで、もしかしたら「娘細胞説」のバージョンアップにつながるかもしれません。
今からでも管理人さんの当時の説明を教えていただければ非常に有り難く思うのですが、もしやはり馬鹿馬鹿しいとお考えになるのでしたら、一読者さんご提案のように、ほかの記事のコメント欄に移動したいと思います。
お騒がせして申し訳ありませんでした。
問題点をすべて説明できる見解なんて、私はただの１つも出していませんよ。
すべては単なる仮説のひとつです。
＞ 娘細胞説は保留ということですね。
保留指定のは私の見解であり、仮説はすべてそのまま提出済みとなります。多くの仮説のうちどれが正しいかは、今のところはまったくわかりません。私は多くの仮説を出したけど、そのうちのどれか一つを支持しているわけではありません。
私が支持しているものは「なし」です。つまり、保留です。
一方、仮説はたくさん出したままです。
現時点で最も有力なのは、かつて提出してから否定された下記項目です。
→ http://openblog.meblog.biz/article/21235106.html
いったん否定された仮説が復活することもあるのですから、仮説を出すことには意義があります。
＞ なぜそれを放棄されたのか
放棄していませんよ。さまざまな仮説はそのまま生き残っています。ただ、仮説の提出と、仮説の支持とは、別のことです。
＞ TCR組み換えの問題点
根本的に勘違いしているようですが、この問題点が話題になったのは、つい最近のことです。実験プロトコル公開後に slashdot で話題になったとき。
以前は疑惑があるだけで、明確に問題視されてはいませんでした。
向こうは原理までわかったようだけども、こちらは生き物だもんねえ。小保方さんの発表みたいな結果になるやつもいるんだよくらいの認識ですわ。
STAP細胞の論文の件は、様々なメディアでいろんな議論が交わされているのを読んで、自分なりにいろんな考察をいたしましたが、こちらのサイトを拝見して「なるほど〜」と思いました。
しかしコメント拝見しましたが、論点ズレるというかサイトの趣旨が分かってない方驚くほど多いんですね。
真実知りたい人はこんなとこでかみついてないで、反対論文でもかいてNatureに投稿しては如何ですか？
ここはあくまで管理人さんの考察を拝見する場です。建設的なコメントにはちゃんとレス下さってるじゃないですか。
と、私もスレ汚し申し訳ありません。
あまりにもひどかったのでついコメントを書いてしまいました。
大変失礼いたしました。今後も更新楽しみにしております。
時間延ばしで、チンタラで数年後嘘でした。となる前に特定法人先送りしてよかった！
もうあの論文では誰も金のかかる追試はしないだろうから、理研が責任を持って厳重な監視下で実証実験をして欲しい。