2014年03月13日

◆ STAP幹細胞の再現実験

 STAP幹細胞は、STAP細胞とは別のものである。そこで STAP幹細胞を再現する実験を行うべきだ。そのために、実験プロトコルおよび特殊培養液も公開するべきだ。
  ( 【 追記 】 【 補説 】 あり。) ──

 STAP幹細胞は、STAP細胞とは別のものである。「まったく別のもの」という意味ではなくて、「STAP幹細胞は、STAP細胞の一部から作られる」という事実はあるのだが、それでも、(重複を除いておおざっぱには)別のものであると考えていい。
 つまり、STAP幹細胞だけは、TCR再構成がなくて、かつ、あとで増殖能をもつようになる。
  → STAP細胞は修正された
  → STAP細胞は造血幹細胞か?
  → STAP細胞の初期化はあったか?

   ※ 本項のコメント欄で Nekogu さんも解説している。

 たいていの人は STAP細胞 の方ばかりに注目して、Oct4 発光でそれでおしまい、というつもりでいるようだが、実は、もっと先の実験もできる。STAP幹細胞についての実験だ。これが本項の話題となる。

 ──

 さて。前項の最後で示したように、次の三つの再現実験が求められている。
 第1に、Oct4 発光の再現実験。
 第2に、キメラマウスの再現実験。
 第3に、STAP幹細胞の再現実験。


 このうち、最後の実験については今まで言及していなかったので、本項で言及する。


 第1に、 Oct4 発光までの再現はすでになされている。問題ない。
 第2に、キメラマウスの誕生は、若山さんのように高度な技術を必要とするので、容易ではない。若山さんにやってもらうしかない。他人は手を出せない。
 第3に、STAP幹細胞の実験だ。これは、他の人でも実行できる。だから、これをやるべきだ、というのが本項の主張だ。
 
 ──

 ただし、STAP幹細胞の実験は、「やれ」と言われてすぐにできるようなものではない。そのためには、条件が二つある。
  ・ 実験プロトコルを公開する。
  ・ 特殊培養液を提供する。

 この二つが必要だ。だから、「この二つを提供せよ」というのが、本項の骨子だ。
 つまり、単に「やれ」と口先だけで唱えているわけではない。やるための条件を整備せよ」というのが、本項の骨子だ。

 では、上記の二つの条件は、誰がやるか? もちろん、こうだ。
  ・ 実験プロトコルを公開するのは、小保方さんと理研である。
  ( Oct4 の場合と同じ。)
  ・ 特殊培養液を提供するのは、理研である。(理研所有だから。)


 なお、実験プロトコルの公開に当たっては、その直前に、理研が(小保方さんの立ち会いの下で)再現実験をすることが必要となる。これは Oct4 の実験プロトコルの公開の場合と同様だ。

 ──

 ともあれ、上記の二つが大切だ、と指摘しておく。
 Oct4 の場合には、実験プロトコルの提供によって、問題に終止符を打てた。事件はあっさりと解決した。(捏造ではなく真実だった、という解決。)
 STAP幹細胞についても、同様の道を取るべきだ。今は誰も言っていないようだが、私としては、上記の二点を取るべきだ、と強く主張する。
 仮に、理研がこの実験プロトコルを提供できないとしたら、その時点で、「 STAP幹細胞は捏造だ」という判断が下るだろう。
 逆に、理研がこの実験プロトコルを提供できたとしたら、そのあとは理研を信用して、複数の人が再現実験をするだろう。それによって、再現性が確認されるはずだ。(プロトコルの公開に先立って、理研自身が再現を確認しているはずなのだから、再現性は確認されるはずだ。)

 というわけで、「 STAP幹細胞の実験プロトコルの公開」(および特殊培養液の提供)が、何よりも重要となる。これをもって、本項の提案とする。



 [ 付記 ]
 「誰が再現実験をするべきか? 一般の研究者がやるのか? 」
 という質問があったが、そんなことはいちいち考える必要はない。上記で示したように、最初にやるのは、理研である。理研が再現を証明したあとで、やりたい人がやればいい。その場合、再現性はほぼ保証されているから、無駄な実験とはならない。実験プロトコルに従うだけで、あっさりと成功するはずだ。
 なお、 Oct4の場合は、こうだった。
 そもそもSTAP細胞は存在するのか。
 共著者の1人で理研の丹羽仁史プロジェクトリーダーは「STAP細胞の存在は真実だと確信している」と語る。
 存在を信じる根拠の一つは、作製手順書を書くために2月、STAP細胞を作ったことがない研究者が、小保方さんに教わりながら、実際にマウスのリンパ球からSTAP細胞をつくる過程を見届けたからだ。当初は同じ材料、分量で試みても小保方さんにしかできなかったが、次第にほかの研究者も作れるようになったという。できた細胞は、万能性を示す遺伝子の働きが確認できた。
( → 朝日新聞 2014-03-12

 「真偽が判明しないまま、いつまでもダラダラと実験が長引くのでは?」
 という懸念をする人もいるが、そんな懸念は不要だ。理研が実験プロトコルを出す時点で、再現性は保証されている。できないとしたら、できない人が下手だっただけだ。たいていの人はできるはずだ。

 一方、理研が実験プロトコルを出せないとしたら? その場合は、「 STAP幹細胞は捏造だった」という判断となる。小保方さんは、Oct4 の実験プロトコルでは「 STAP幹細胞では TCR再構成はなかった」と主張しているので、STAP幹細胞は容易に作成できているはずだ。ゆえに、実験プロトコルを出せなかった時点で、「 STAP幹細胞は捏造だった」という判断となる。
 
 かくて、本項の提案により、この騒動にはあっさりと終止符が付く。
 「博士論文には捏造があったから」というような粗っぽい論理とは違って、明白に科学的な根拠によって、決着が付く。
 本項は、決着の付け方を示している。

( ※ その結果がどうなるかについては、予想はしない。その予想は、個人的な心証なので、ここで述べたような科学的論議には適さない。)



 【 追記 】
 下記のコメントを得た。
 STAP幹細胞の作製のプロトコールは、この前理研がだしたプロトコールのっていますよ。あと特殊培養液と書かれているものは普通に売られているので研究者なら手に入ります。

 ということです。「先のプロトコルには Oct4発現までしか書いてない」という話を聞いていたので、そうだとばかり思っていたのだが、そうではなかったようだ。上記のコメントの通りであるらしい。

 では、それならそれで、さっさと再現実験をしてほしいものだ。また、理研が実験プロトコルを出したということは、STAP幹細胞を理研自体がすでに再現できているということになる。
 研究者は、「捏造だ」なんて騒いでいないで、さっさと理研の再現した通りに、自分でも再現すればいい。
 また、再現できなかったなら、「理研の嘘つき! 理研自体が捏造をしている! 理研自体が捏造組織だ!」と非難すればいい。
 どっちにしても、やるべきことは、再現実験だろう。博士論文の画像なんかで騒いでいるときじゃない。方向違いすぎる。
 
( ※ STAP幹細胞は、急激に増殖すると判明するだけでも、特別な性質をもつことが判明する。それまでの一般的な細胞とは違うので、急激な増殖の時点で、初期化が起こっている可能性は高くなる。)
( ※ STAP幹細胞は、ES細胞とほぼ同様の性質をもつので、若山さんでなくても胚への注入が可能だ。特に難しい実験ではない。だから、さっさとキメラマウスができるかどうか、実験してみてほしい。マウスの値段なんか安いんだから。)
 


 【 補説 】
 「STAP幹細胞を再現する実験を行うべきだ。それには実験プロトコルに従え」
 というのが私の見解だが、これを誤解する人が多いので、解説しておく。

 ここで実験プロトコルというのは、次の二つからなる。
  ・ STAP細胞を作成して、Oct4 発光を確認する。
  ・ STAP細胞を特殊培養液にひたして、急速増殖した細胞を得る。


 前者は、すでに確認済みだ。
 後者は、まだ確認されていない。そこで、「後者を確認せよ」というのが、本項の主張だ。

 この再現実験のあとで、結果次第で、次の判断となる。
  ・ 急速増殖した細胞は存在しない → STAP幹細胞は捏造
  ・ 急速増殖した細胞は存在する  → STAP幹細胞は実在


 急速増殖した細胞は存在しないなら、STAP幹細胞は捏造されたことになる。この場合、理研の実験プロトコルそのものが虚偽だったことになる。理研自体が組織的な捏造をしたことになる。
 急速増殖した細胞は存在するなら、これが STAP幹細胞と定義される。これが多能性をもつかどうかは未確認だが、急速増殖することから、初期化された可能性は極めて高い。この場合、実験は捏造ではなかったことになる。(誤認の可能性はいくらか残るが、少なくとも根本部分は捏造ではなかったことになる。)

 特に重要なのは、次のことだ。
 「急速増殖した細胞が存在するなら、『 STAP細胞は死滅細胞の自家蛍光だ』という説は否定される」

 なぜなら、死滅した細胞が急速増殖するはずがないからだ。(大部分は死滅するだろうが、論文によれば、1%ぐらいは生き残って増殖する結果となるはずだ。)
 結局、急速増殖する細胞が出現した、ということを確認した時点で、根本部分は捏造ではなかったことになる。

 こうして、STAP幹細胞の真偽について、その根本を判定できる。そのための実験は、たいした手間ではない。だからその実験をやれ、というのが、本項の主張だ。

( ※ こうしてできた STAP幹細胞が本当に初期化したものであるか、というような検証は、また別の話である。その検証をやれとは主張していない。本項はあくまで、「急速増殖する細胞の確認」つまり「実験プロトコルの確認」だけを主張する。)

 《 オマケ 》
 ついでだが、「STAP幹細胞が出現するなら、それは幹細胞(特に造血幹細胞)に由来するものだろう」という仮説は、前に論じた。
  → STAP細胞は修正された
  →  STAP細胞は造血幹細胞か?
 


 [ 余談 ]
 STAP幹細胞は存在するか? 本項では、「存在する可能性は十分にある」と示しただけであり、存在するかどうかについては見通しを述べなかった。私としてはどちらとも予測しがたい。
 ただ、読者としては、「わけがわからないのは困る。どっちか見当を付けてほしい」と思うだろう。そこで、そのための傍証を示す。
 STAP幹細胞が存在しないとしたら、わけがわからないことになる。(矛盾というほどではないが、それに近い感じになる。)
 というのは、次のことがあるからだ。
 実験プロトコルの公開のとき、「STAP細胞には TCR再構成がない」という報告があった。
 この報告は、論文における「STAP細胞には TCR再構成がある」という報告を否定する。その意味で、論文の誤りを認めるものだ。仮にすべてが捏造だとしたら、論文の誤りを自ら認めるのは、筋が通らない。あくまで「論文は正しい。データは捏造ではない」と言い張るはずだ。
 ところが実際には、「論文は正しくなかった。データは間違っていた」と認めた。とすれば、その動機はただ一つ。あとのデータが正しかったことになる。つまり、「STAP細胞には TCR再構成がない」という報告が正しかったことになる。そして、あとの報告が正しかったとすれば、「STAP細胞には TCR再構成がない」ということから、「STAP細胞を実際に調べた」という結論が出る。それはつまり、「STAP細胞は存在する」ということだ。(存在しないものを調べることはできないからだ。)
 STAP細胞の正体が ES細胞だった、という可能性はある。しかしそれならそれで、「STAP細胞には TCR再構成がない」という報告を出す意味がない。あくまでしらばっくれていた方がいいはずだ。わざわざ「論文は間違いでした」という嘘をつく必要がない。「自分は正しい」という嘘をつくのはわけがわかるが、「自分は間違っていました」という嘘をつくのはわけがわからない。そんなことをしても、世間から集中攻撃を浴びるだけだからだ。実際、その報告をしたあとでは、「 TCR再構成がないというのは、論文が捏造だった証拠だ!」という集中攻撃を浴びた。いったい何のために、集中攻撃を浴びるために嘘をつく必要があるのか? わけがわからないことになる。
 とうわけで、仮に STAP幹細胞が存在しないとしたら、わけがわからないことになる。ここから、一定の推測をすることは可能だろう。
posted by 管理人 at 21:15| Comment(56) |  STAP細胞 | 更新情報をチェックする
この記事へのコメント
管理人さん

このテーマで原稿を書かれる前に1つお願いしたいことが。

「再現実験を行うべきはだれなのか」ということを明記していただきたいと思います。対象が誰かをはっきりさせることによって、管理人さんの意図とかけはなれたコメントが減ると思いますので。
(03/10)◆ STAP細胞を研究停止せよ(皮肉)を読む限りでは、小保方グループや理研が行うべきだと言っているように思いました。それで間違いないのでしょうか?

原稿すら出ていないのに失礼いたしました。
Posted by 馬次野 at 2014年03月13日 10:35
> 再現実験を行うべきはだれなのか」ということを明記していただきたい

 そりゃナンセンスでしょう。特定の誰かではありません。たとえば、
 「日本は iPSの研究を推進するべきだ」
 と主張したとき、それが誰であるかを指定しますか?
Posted by 管理人 at 2014年03月13日 12:48
管理人さん

特定の誰かを明記せよと言ってるのではありません。小保方グループなのか理研なのか、それとも幹細胞にかかわる研究者なのか、あるいは研究とは関係のない一般人なのか。

>「日本は iPSの研究を推進するべきだ」
といっても研究を行うのは政府ではありません。政府が推進しても手を上げる人がいなければ研究はできませんよ。iPSの例では、iPSに将来性を感じた人が研究を行っているのです。
STAP幹細胞もそういった人たちが再現実験を行うべきなのですか?

まだ原稿すら出ていないのにこのような質問をして申し訳ありません。
Posted by 馬次野 at 2014年03月13日 13:05
管理人さんに対する私の意見。そんなことわかってるよ、とおっしゃるなら削除してもらって結構です。

再現実験を行うべき対象を明記することは、管理人さんがされるつもりである「再現実験を行うべきだ」をいう主張を、説得力のあるものにすることができます。さまざまな理由を述べても、ただ再現実験を行うべきだというだけなら、多くの人は「そんなこと当然だろ」という感想しか持ちません。みんな再現実験は理想的には必要だとわかっているのです。
ではなぜ反対する人が出てくるのか。それは現実的に誰がやるのか、予算はどうするのかということまで考えた時、再現実験はあまり必要がないという結論になるのです。理想論と現実論の立場をとる人の考え方の違いです。

ここでたとえ話を一つ。
とある町の一角。ここでは最近生ゴミの不法投棄が問題になっていました。そこで自治会が対応を話し合いました。
Aさん曰く、「生ゴミが臭くて仕方ない。ゴミを処分し、監視人をおくべきだ!」
Bさん曰く、「そりゃそうなんだが、自治会の予算に余裕もないし、監視を引き受けてくれる人もいないかも。」
Aさん曰く、「でも生ゴミを放置すると臭いしハエも発生し衛生的ではない。とにかく処分するべきだ!!」
Bさん曰く、「しかし予算と人が・・・」
Aさん曰く、「でもとにかく処分はするべきだ!!!」

こんな会話をしていてもいっこうに進展しません。予算を臨時徴収する、監視は自治会の人たちでローテーションで行う、といった提案をするべきでしょう。

話を戻します。
再現実験が現実的に厳しいのか、もしくは実際はできるかもしれない、ということは再現実験を行うのがだれかによって変わってくるのです。小保方グループが行うなら簡単でしょう。再現実験を行うくらいなら予算も今ある分で大丈夫でしょう。しかしSTAPと関係のない人がやるためには、今やっている自分の研究を中断もしくはセーブして、なおかつ予算も取ってこなければなりません。その上再現できたとしても自分の業績にはなりません。つまり現実的にはやる人がいないということです。

以上のことから、再現実験を行う対象を明記することで、より現実的な意見交換ができると私は考えています。

管理人さんの原稿、楽しみにしております。
Posted by 馬次野 at 2014年03月13日 14:28
管理人さん、以前すり替え説は若山先生が気づくはずだから無理だと書かれていましたが
分子生物学会理事長である大隅典子先生によると目視で気づくのは不可能だそうですよ

http://nosumi.exblog.jp/20452624/
例えば、上記の実験を「捏造」するのであれば、以下のようなやり方が考えられると思います。
最終的に見せたいのは「胎盤に緑色に光っている細胞がいる」ことなので、
胚盤胞の発生段階の胚を全身GFPで光るマウスから作って、
それをバラバラにして若山先生に渡して注入実験を行った場合、
若山先生にはそれがSTAP細胞か、Fgf4-induced stem cellsなのかはわかりません。
実際、論文には「Fgf4-induced stem cells」は「cag-GFP-labeled(全身光る)」とされているので、遺伝子の解析をしても区別は付かないでしょう。
Posted by 一疑問者 at 2014年03月13日 19:49
Nekogu です。先日は長文のコメントを掲載いただいてありがとうございました。
直後のブログでの、STAP細胞の原理3の「損傷集合説」は、いつもながら面白く読ませていただきました。

さて、再登場するつもりはなかったのですが、この予告を見たので、ちょっとだけコメントさせていただきます。

 多くの方に誤解があるのは、STAP細胞とSTAP幹細胞(STAP-SC) の違いです。STAP細胞の一部がSTAP幹細胞になるのです。ですから
 「STAP幹細胞は、TCR再構成がなく、STAP細胞とは別のものである。」
とは言い切れないのです。

 「STAPレシピ」に、得られた8つのSTAP幹細胞にTCR再構成がなかった、つまりT細胞由来ではなかったとありますが、別に矛盾はありません。論文でSTAP細胞に用いたのはCD45+細胞(リンパ球)で、T細胞(CD90+)、B細胞(CD19+)、造血細胞(CD34+)などの混合物です。それを弱酸性処理でSTAP細胞化し、その中からSTAP幹細胞を得たわけですから、そのSTAP幹細胞がT細胞由来である必然性はなく、他の免役系細胞でもいいのです。
 ですから、Cag-GFPキメラのもととなったSTAP細胞のタイプも、いろいろな可能性があります。T細胞かも知れませんし、B細胞、あるいはT、B両タイプの免役細胞由来かもしれません。
 こうした状況をはっきりさせるためにも、Cag-GFPキメラのDNA解析のデータを是非示してほしいものです。そうでないと、次の手が打てません。
 ついでに、調製したCD45+細胞の、T細胞(CD90+)、B細胞(CD19+)、造血細胞(CD34+)の比率のデータも欲しいところです。それぞれのSTAP化(Oct4-GFP陽性化)の比率は、Ext. Fig. 1dにありますが、そもそものCD45+細胞の各免役細胞の比率はどうだったのか。
 問題点を言い出したらきりがないので、この辺にします。
Posted by Nekogu at 2014年03月13日 20:11
STAP幹細胞の作製のプロトコールは、この前理研がだしたプロトコールのっていますよ。あと特殊培養液と書かれているものは普通に売られているので研究者なら手に入ります。
Posted by 通りすがりの生化学者 at 2014年03月13日 21:46
> by 通りすがりの生化学者

 ありがとうございます。その旨追記しておきます。
Posted by 管理人 at 2014年03月13日 21:56
理研はプロトコール中でSTAP幹細胞を作ったといっていますが、幹細胞ができたという証拠となるデータを示していません。また同様にOct4-GFP発現細胞のデータもありません。もちろん、理研はあくまでもプロトコールをだしただけですので、先日出されたプロトコールにデータがなくても全く不思議ではありません。しかし、研究はデータに基づくものであり、データを示して初めて再現できたといえるのです。そのため、未だにSTAP細胞に関することはひとつも再現されていないといえるのです。
理研は再現できたというデータを今すぐに開示するべきでしょう。すくなくともSTAP細胞に関しては明日にでも出せるはずですので。
Posted by 通りすがりの生化学者 at 2014年03月13日 22:15
理研が何かを言っても誰も信用しないんだから、他人がやるしかないでしょう。その上で、「再現できた/できない」を報告すればいい。そっちの方が信頼性がある。
 再現実験は、第三者がやらなくては意味がない。理研じゃ、何を言っても、意味がない。
 理研がやるべきことは、プロトコルの公開だけです。
Posted by 管理人 at 2014年03月13日 22:19
管理人さん曰く、
「その単純なことをやれ、と私は主張しているんだけど、捏造説の人たちが実験を厭がっている。『お金がもったいない』と言って」
なんですよね?

だったら、通りすがりの生化学者さんが仰る通り、理研は出せる限りのデータをありったけ公開すべきだと思います。

その内容次第で、「お金を掛けてでも再現実験に取り組むべきだ」という人達が増えるじゃないですか。

ちなみに私は「この際、特許等が海外企業に掻っ攫われても、有用な多能性細胞さえ獲得できれば構わないじゃないか」という立場です(その場合に理研と小保方氏が日本の国益に対して負う責任は、計り知れないほど重いですが)。

だから、もし理研が出し惜しみしているデータがあるのなら、それらを一刻でも早く全面公開すべきだと考えます。
Posted by 傍観者@以下略 at 2014年03月13日 22:41
現時点で示されたデータだけでは再現実験を真面目に行う人はいないと思いますよ。
まずは理研が再現したというデータを示し、その上で第三者の立ち会いのもと理研が再現実験を行うのが妥当な方法だと思います。
Posted by 通りすがりの生化学者 at 2014年03月13日 22:43
再現と言うとあたかも一度は実現された事のように聞こえますが、OCT4発光細胞以外は、画像改ざんのためデータに信頼性がないか、論文以外の報告でありデータは示されていないと思います。
データを示さずに実現したというのは、非科学的な主張だと思います。
このことから、実現されたかどうか現時点では分からないというのが正しいと考えます。
したがって、OCT4以外については、検証実験と言う方が現状を適切に言い表していると思います。
Posted by たま at 2014年03月14日 00:07
小保方さんに捏造癖があるのを知っていて罠にはめた黒幕がいるようです。
黒幕がES細胞を混ぜこんだと推測されています。
以下参照ください。

http://www.poverty.jeez.jp/ura/img/kenmou01237.txt
Posted by ひつじ at 2014年03月14日 00:35
>「STAPレシピ」に、得られた8つのSTAP幹細胞にTCR再構成がなかった、つまりT細胞由来ではなかったとありますが、別に矛盾はありません。

矛盾はありませんが、この幹細胞が初期化によって得られたという証拠がなくなるので、みんな「あれ」と思ったのではないでしょうか。
プロトコルの公開が目的なのに、何でこんな不利な情報をわざわざ流すのだろうと思いませんでしたか?
この情報は、STAPやSTAP幹細胞の正体については
何も決定的なことを与えませんが、論文が自身の論拠を失くすという意味で大打撃を与えているような気はします。恐らくこんな余計なことを書いたのも、TCR再構築が起こっているすると困るからでしょう。(他の先生方も指摘しているが、恐らく、キメラが正常に育たないのでは?)

こんな余計な情報入れずに、再現したっていうSTAP細胞とか幹細胞の写真乗っけた方がよっぽど説得力があるのに。なぜか、入るはずのものが入ってなくて、余計のものが入っていたという印象が否めない。結果的この公開がさらなる疑惑を呼ぶことになってしまいました。
Posted by 通りすがりの化学者 at 2014年03月14日 02:20
yahoo!!
小保方(おぼかた)晴子ユニットリーダーを含む3人が、論文の撤回に同意していることがわかった。複数の理研幹部が朝日新聞の取材に認めた。「生物学の常識を覆す」として世界中を驚かせた研究成果は白紙。
うそ,捏造がこれだけばれたら白紙。世紀の汚点。捏造騒ぎとして残るでしょうね。
Posted by おぼぼ at 2014年03月14日 06:09
>理研が何かを言っても誰も信用しないんだから、他人がやるしかないでしょう。

管理人は誤解しているようだが、一般の方とは違い、
多くの研究者はちゃんとした実験データを理研が出してくれさえすれば、
その上で再度それを検証して事実であれば事実として受け止めますし、
やはり怪しければ今回のように厳しく追及するだけのことです。
プロトコルの公開だけでは足りないんです。全然不足です。
その手法によってちゃんと何某が出来ましたよ、それを示す証拠はこれですよ、
という実験データを一緒に出さないと、理研だろうがどこだろうが、
またいかに高名な学者が出したプロトコルであろうが、研究者は誰も信用しないんです。
わかりますか?
プロトコルとデータ、その両方の提示がなければいけないんです。
少なくとも誰かに再現実験をしてもらいたいのであれば、
それらの両方が必須要件です。
Posted by Boof at 2014年03月14日 08:07
>「誰が再現実験をするべきか? 一般の研究者がやるのか? 」
 という質問があったが、そんなことはいちいち考える必要はない。上記で示したように、最初にやるのは、理研である。理研が再現を証明したあとで、やりたい人がやればいい。

考える必要はないと言いながらしっかり答えてくれてますね。
管理人さんは「最初にやるのは、理研である。理研が再現を証明したあとで、やりたい人がやればいい。」とおっしゃっているので。
この文章は「まず再現実験をすべきは理研だ。他の人は必ずしもする必要はない。」と解釈できますよね、普通に読むと。
つまり再現実験をすべきは理研であり、他の研究者ではないと言っています。

もっと素直に書けばいいのに。
Posted by 馬次野 at 2014年03月14日 09:39
通りすがりの化学者さん (2014年03月14日 02:20)のコメントへのコメント

>矛盾はありませんが、この幹細胞が初期化によって得られたという証拠がなくなる・・・・
「証拠がなくなる」ことはありません。私の文章を虚心坦懐にお読み下さい。

>プロトコルの公開が目的なのに、何でこんな不利な情報をわざわざ流すのだろうと思いませんでしたか?
全く思いません。これこそが科学的態度です。「何でこんな不利な」と言わしめるのは、あなたの「非科学的」な心です。

>論文が自身の論拠を失くすという意味で大打撃を与えているような気はします。
「論拠を失くす」ことはありません。つめの実験が足りなかっただけです。それを補う実験をすればいいのです。その意味では、Natureのレフリーの責任も甚だ大きいと思います。

>TCR再構築が起こっているすると困るからでしょう。
全く困りません。どうなっても説明がつきます。私の先日のコメント「(0312) 読者のコメント紹介(STAP細胞)」を虚心坦懐にお読み下さい。「困る」と言わしめるのは、あなたの「非科学的」な心です。

>結果的この公開がさらなる疑惑を呼ぶことになってしまいました。
そうではなありません。論文の詰めの甘さが明白になったということです。論文を確かなものにするために、CAG-GFPキメラのDNA解析のデータでを示せばいいのです。用いたSTAP細胞のマウス系統と一致するか、TCR遺伝子が再構築したT細胞なのか、抗体遺伝子が再構築したB細胞なのか、両方か、それら以外か、あるいは3種類以上の細胞が関わっているのか、が分かるような解析です。細胞があれば可能なはずです。T細胞でなかったら、Article のFig. 1iとExt. Fig. 7g を削除して、本文を少し書き換えるだけで首尾一貫した論文になります。繰り返しますが、「疑惑」と感じるのは、その人の「非科学的」な心です。

科学、特に実験科学は、事実の積み重ねです。それらの事実を論理的に説明するのが科学です。説明できない事実があれば、説明の仕方/理論を変えなければなりません。説明が間違うこともあります。見えない事実もあります。事実を誤認することもあります。真実は検証するしかありません。はじめから真実があるのではありません。事実の検証による修正や改訂の繰り返しによって真実になって行くのです。これが私の科学観です。
Posted by Nekogu at 2014年03月14日 10:21
> プロトコルとデータ、その両方の提示がなければいけないんです。
> 少なくとも誰かに再現実験をしてもらいたいのであれば、
> それらの両方が必須要件です。

つまり、現状では Oct4-GFP の再現実験をした人は一人もいない、ということですね? そう理解してよろしいでしょうか?
Posted by 横入り at 2014年03月14日 10:42
>Nekoguさん

上記コメントにはおおかた賛同できますが、一つ疑問があります。
TCR再構成がみられなかったことで、初期化によって得られたという証拠がなくなることはない、とおっしゃっていますが、では論文中で証拠となるデータは示されているのでしょうか?

通りすがりの科学者さんが言いたいのは、「初期化されていない」ということではなく、あくまで「初期化されたことを証明するデータが示されていない」ということだと思います。ようするにNekoguさんのおっしゃる通り、詰めが甘いということだと。
Posted by 馬次野 at 2014年03月14日 10:49
>Posted by 横入り at 2014年03月14日 10:42
それは沢山居るでしょう。
新しいプロトコルが出された時点では
データそのものに疑いがあるとは思っていない方も
多かったでしょうから。
Posted by Boof at 2014年03月14日 10:53
> データそのものに疑いがあるとは思っていない方も多かったでしょうから。

実験結果がわかってからでないと実験できないという趣旨でしょうか? 

私は実験結果がわかっていないからこそ実験するのだとばかり思っていましたが。
Posted by 横入り at 2014年03月14日 11:30
いやいや、実験して結果がわかったものについて、いつでもそれを再現するためにプロトコールがあるわけで。
料理のレシピと同様です。
Posted by エンジニア at 2014年03月14日 11:39
>Posted by 横入り at 2014年03月14日 11:30??
何か一般的な研究の話と混同してるようですが、
再現性が問題となり、詳細なプロトコルが出されたんですよ?
新規性を求めるための改訂ではありません。
書き込みする前に一連の流れを確認して、NPEのイントロだけでも読まれた方がよいですよ。
Posted by Boof at 2014年03月14日 11:43
Nekoguさんの意見に大賛成です。
おっしゃる通り、ことは実験科学です。
要はただ一つ、結果です。
途中の論理構成を示せとおっしゃる方がいます。
万能の神でなければ、誰も答えられません。
体の部位に損傷があった時に、治癒ともいうべきことが起こったり、手術でほぼ不具合が解消されます(実験科学)。
これを、生物学席に、正確に論理構成できますか?
まさか、損傷した細胞のDNAが複製されて同じ細胞が作られたなどとはおっしゃらないでしょう。
複雑な細胞内外のことは、ほとんど分かっていない(あるいはそういう前提で当たる)というのが正しい態度かと思います。
今物理学の世界で、宇宙の物質の中で存在が解明できているのは、わずか5%に過ぎないというのが大多数意見です。
生命科学においても同じような状況ではないのでしょうか?
今の段階で、あまり適切でないと思われる雑音をはくことは、真剣に慎みたいと思っています。
Posted by 素人の素人ですが at 2014年03月14日 11:44
最後に <FONT COLOR="#7C00FA"> 【 補説 】</FONT> を加筆しておきました。
 タイムスタンプは 下記 ↓
Posted by 管理人 at 2014年03月14日 12:51
>野次馬さん コメントありがとうございます。

>論文中で証拠となるデータは示されているのでしょうか?
初期化の証拠はあります。状況証拠ですがFig. 2 です。初期化遺伝子群が発現し、実際、全分化系列の細胞や組織になることを示しています。初期化の証拠としては、通常これで十分なはずです。それならESのような万能性(pluripotency)があるのではないかと、キメラマウス作製を行い「成功」したのです。これは用いた細胞に万能性もあった証拠です。しかし「万能性」には意地悪な解釈もできます。「初期化」はあったがまだ「万能性」はなく、「万能性」は移植後に起きたのだと。可能性はありますが、さて、どうやって検証しますか?

それで、その「初期化」の証拠のFig. 2d が博士論文のコピペだったので、若山先生は「初期化」に疑いをもたれ、キメラ作製に用いた細胞の由来の第3者による検証を呼びかけているのです。先生ご自身がされてもいいのですが、今や、それでは結果が信用されない事態なので、「第3者に」と言っているのです。要求される検証は、それほど大変な作業ではないと思います。そして、これだけ大事なデータに「疑惑・不正」があった以上、「論文を撤回すべき」と若山先生は提言しているのです。誠意ある態度だと思います。

「詰めが甘く」なった理由は、細胞レベルの解析にCD45+細胞を使い、Fig. 1i で、あたかもそれがT細胞のみであるような印象を与えたことです。Fig. 1i は、T細胞を含むことを示しているにすぎません。私の過去のコメントでも述べたように、CD45+細胞は各種免役細胞の混合物です。もう一つゲートをかけて、CD45+,CD19+かCD45+,CD90細胞を用いていれば、あまり混乱しなかったように思います。だからこそ、何度も言いますが、キメラマウス細胞のDNA解析のデータ開示を希望するのです。それによって事態がはっきりし、どうすべきかがわかるからです。
Posted by Nekogu at 2014年03月14日 12:54
「科学的」と言った時に、

「エビデンス(客観的証拠)に基づかないロジック(論理)を、科学として受け入れてはならない(たとえ、そのために失われる論理的な可能性があったとしても)」
という話のことだと理解するのが、私や外の人さん(守りの科学)。

「ロジカル(論理的)に排除できない可能性を、リリカル(情緒的)に排除してはならない(たとえ、結果として情緒的な予測の方が正しかったとしても)」
という話のことだと理解するのが、管理人さんやNekoguさん(攻めの科学)。

別にどちらが正しいという議論ではありません。その人なりにバランス感覚を磨けば良いだけの話です。

ただ、ある主張が「科学的か非科学的か」という議論は、想像する以上に難しいということを、このブログで知りました(アノニマスKさんに教えて頂いた)。

以上、余談でした。
Posted by 傍観者@余談 at 2014年03月14日 13:11
Nekoguさん

詳しい解説ありがとうございました。とてもためになります。
さらにお尋ねしたいのですが(純粋に科学的興味です。けっして難癖つけているわけではありません)、初期化の証拠とされているFig.2のデータですが、絶対量ではなくGapdhでノーマライズされています。つまりCD45+細胞中にわずかにコンタミしていた幹細胞が酸処理によって生き残った(幹細胞の割合が増えた)、という可能性が考えられると思うのですが。もともとの幹細胞のコンタミの可能性は排除されているのでしょうか?

お忙しいとは思いますがよろしくお願いいたします。
Posted by 馬次野 at 2014年03月14日 13:48
> CD45+細胞中にわずかにコンタミしていた幹細胞が酸処理によって生き残った(幹細胞の割合が増えた)、という可能性が考えられると思うのですが。もともとの幹細胞のコンタミの可能性は排除されているのでしょうか?

それはこのブログにもともと書いてあります。
http://openblog.meblog.biz/article/21414835.html

Nekoguさんの長文コメントにも書いてあります。

コンタミではなくて、正常な混在です。混在だと気づかなかったことが誤認であるだけです。実験そのものは正常であり、コンタミは無関係です。
Posted by 横から at 2014年03月14日 14:00
>コンタミではなくて、正常な混在です 〜 実験そのものは正常であり、コンタミは無関係です。
過去にも同じような議論がされているので繰り返しになりますが。。
その可能性を指摘しているだけで、証明はされていないと思います。結果は若山先生保管のサンプル解析待ちです。
体細胞が初期化されてSTAP細胞ができるという証拠は、現時点では無いと私は理解しています。正常な混在によって、幹細胞が試料中に元からあった可能性は否定出来ないように思います。
また、件の論文で使われた細胞について、公開されているゲノム情報を精査されている方がいます(これも以前コメントに登場していましたが)。
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http://slashdot.jp/~kaho/journal/578726)より引用
これまで見てきた通り,CD45+細胞はSTAP/STAP幹細胞/ES細胞とは由来が異なることがこの解析でも分かります.
また,ES細胞とSTAP細胞はCNVに差がなく,ほぼ同一であることが示されました.この近さは慎重な実験をするために,STAPを抽出したマウスからES細胞を作成したとしても説明がつかないように思われます.
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論文の著者らがサンプルを取り違えた可能性もあるので、確証ではありません。しかし、STAP細胞の由来について、確たる証拠となるものは現時点でないということは言えるのではないでしょうか。ますはこの点がクリアにならないと次に進めないと思います。
Posted by アノニマスK at 2014年03月14日 14:28
横からさん

幹細胞が混在している可能性があるならNekoguさんが初期化の証拠だとされているFig.2は初期化の証拠にはならないと思うのですが。
私が気になっているのは細胞が初期化されたかどうかです。
Posted by 馬次野 at 2014年03月14日 15:58

野次馬さん、横からさん、アノニマスKさん

「幹細胞のコンタミ」は鋭い指摘だと思います。論文はそのことを否定していません。しかし今の段階で、「元々あった幹細胞のコンタミ」であると、どうやって検証しますか。
 今回の論文の主旨は、いろいろなストレスを加えたあとに、多分化能を持った/初期化したと思われる/しかも万能性のある細胞(STAP細胞)が得られ、それからさらに増殖能を持った細胞(STAP幹細胞)が得られたたということです。「新しい」方法で取られた多機能性細胞ですから、新しい発見として注目するのです。
 将来、結果として「元々あった幹細胞のコンタミ」に終わるかもしれません。しかしそれは、誰かが追試をして、「幹細胞のコンタミ」であることを実証すればいいのです。はじめから完璧な真理はないということです。実験で、一つ一つ穴を埋めて行くしかありません。それが実験科学です。
Posted by Nekogu at 2014年03月14日 16:49
Nekoguさん

ご返答ありがとうございます。つまり現段階では細胞が初期化されたという証拠はない、という認識でよろしいでしょうか?もちろん初期化した可能性はあるということはわかっております。
Posted by 馬次野 at 2014年03月14日 17:07
>「証拠がなくなる」ことはありません。私の文章を虚心坦懐にお読み下さい。
>初期化遺伝子群が発現し、実際、全分化系列の細胞や組織になることを示しています。初期化の証拠はあります。通常これで十分なはずです。それならESのような万能性(pluripotency)があるのではないかと、キメラマウス作製を行い「成功」したのです
>全く思いません。これこそが科学的態度です。「何でこんな不利な」と言わしめるのは、あなたの「非科学的」な心です。


「非科学的」というのであれば反論しましょう。

まず、ここに挙げられている証拠は幹細胞が「刺激により初期化された」という証拠になっていますか?幹細胞が存在するということしか示していないのではないでしょうか。これならば、元々存在した幹細胞を選別しただけという解釈も成り立つわけです。
>通常はこれで十分なはずです。

全然十分じゃありませんよ。根拠を示しましょう
以下のnatureの記事を見てください。
http://www.natureasia.com/ja-jp/ndigest/specials/52143

小保方さんは、当初STAP幹細胞の存在の証明を蛍光マウスの作製で十分であると考えていた。しかし、それでは論文が「何度も」体裁拒否にあった。つまり、マウスに分化した実験事実ですら、査読者は論文体裁に十分な論拠が得られていないと判断したわけです。著者達がT細胞の実験を行った目的は、幹細胞が初期化によって得られていることを証明し、論文を体裁してもらうことにあったと考えるのが妥当です。また、reviewerもTCRの結果を見て、幹細胞も同様に初期化により得られたものと判断し、体裁可と判断したと思われます。その意味で著者達にとっては不利な情報であったと考えるのが「妥当」です。また、若山さんも、会見ではっきりと(テラトーマの画像疑惑と共に)STAP細胞だと信じていた根拠の一つ(TCRの結果)に疑義が生じたため、STAP細胞の存在を信じ続けるのが困難になったと述べています。このように、共著者自身が「不利な情報であった」と認めているのではないでしょうか?


>「疑惑」と感じるのは、その人の「非科学的」な心です。

疑惑を感じるのは個人の感情であり、非科学的か科学的かなんて関係ありません。画像の加工や使い回し、文章の盗用から、「小保方さんという研究者」に対して信頼がなくなってしまったのです。そこから、STAP細胞そのものへ「疑惑」を持つのは非科学的なんでしょうか??私は別にSTAPが存在しないとか、論文が全部捏造だとか、そんなことを言った覚えはありません。
そもそも共著者がSTAPを信じ続けるのが困難になったといっているのに、一般の人に「疑惑を持つな」というのがそれこそ、おかしな話です。

人のことを大した理由もなく「非科学的」と呼ぶあなたこそ「非科学的」の意味をもう一度よく考えてみてはいかがでしょうか
Posted by 通りすがりの化学者 at 2014年03月14日 17:24
記者会見ながい・・・
2時から始まってまだ継続中・・・
Posted by 研究者 at 2014年03月14日 17:33
通りすがりの化学者さんへ
>人のことを大した理由もなく「非科学的」と呼ぶあなたこそ・・・

私のコメントが気分を害させたとしたら、それは不本意なことで、お詫びいたします。

しかし、私はどこでも『あなたを非科学的』と呼んだことはありません。また、『一般の人に「疑惑を持つな」』といったこともありません。全くの曲解です。私のコメントをもう一度、正確に、虚心坦懐にお読み下さい。

私は、科学に関わる議論をする上で、科学的な議論を妨げるもろもろの感情/心の動きを『「非科学的」な心』として、科学的な議論からできるだけ排除したいと思っています。私にも「不利」とか「疑惑」の感情はあります。でも、それを持ち出すと、たちまち科学的議論は劣化、あるいは崩壊します。ですから、例えば『「困る」と言わしめるのは、あなたの「非科学的」な心です。』という言い方をしたのです。この「あなた」は「私」に変えてもよかったのです。また、『「疑惑」と感じるのは、その人の「非科学的」な心です。』という言い方をしましたが、「その人」はもちろん「私」も含みます。
Posted by Nekogu at 2014年03月15日 01:20
野次馬さんへ
>つまり現段階では細胞が初期化されたという証拠はない、という認識でよろしいでしょうか?もちろん初期化した可能性はあるということはわかっております。

冷めた目からは、そういう認識でよいと思います。熱い目からは、ちょっと違った言い方になると思いますが・・・


管理人さんは<STAPをSTOP>を宣言しました。退場します。Au revoir
Posted by Nekogu at 2014年03月15日 01:58
ここの人らは幽霊をまじめに検証してるのだと思うと滑稽というほかないなw
取捨選択は大事よ。
Posted by at 2014年03月15日 02:07
私もこれを最後に退場します。

>冷めた目からは、そういう認識でよいと思います。熱い目からは、ちょっと違った言い方になると思いますが・・・

私は科学的な視点でデータを読んだ結果、初期化されたという証拠はないと判断しました。その判断理由をもう少し詳しく書きます。

Nekoguさんが初期化の十分な証拠として提示されたのはFig.2b、2d、2e。この中でFig.2dと2eは小保方さん本人が修正を申し出ているので議論の対象外とします。
Fig。2bのグラフでは確かに酸刺激前後で初期化遺伝子群の発現が増えています。しかしこのグラフの縦軸は「絶対値」ではなく、「Gapdhでノーマライズされた値」です。つまりこのグラフからは
1.初期化遺伝子群が発現するようになった(細胞が初期化された)
2.もともと初期化遺伝子群を発現していた細胞(幹細胞)が選別された
3.1,2の両方
の可能性が考えられます。
もし幹細胞の混在が明確に否定されるならこのグラフは初期化されたという非常に強い証拠になります。しかしNekoguさんは幹細胞の混在を否定するデータはないとおっしゃっておられ、なおかつ私も論文中に見つけることができませんので、上記の2の可能性もあるわけです。つまりFig.2bは初期化の証拠としては不十分なのです。もし初期化遺伝子群の発現の「絶対量」が増加していればこれもまた初期化の強い証拠となりえるでしょう。

データを見て議論する時に熱い目、冷たい目というのは存在してななりません。常に客観的にデータと向き合うべきでしょう。
Posted by 馬次野 at 2014年03月15日 11:49
最後に  [ 余談 ]  を加筆しました。
Posted by 管理人 at 2014年03月15日 19:26
管理人さん

一度ご自身で論文やプロトコールを読むことをおすすめします。読んでみれば管理人さんが主張されていることは滅茶苦茶であることがわかるとおもいますよ。
少なくともプロトコールで「STAP幹細胞」と呼ばれているものがどういった細胞なのかくらいは認識してから書くべきでしたね。

ネット上の情報や自動翻訳で訳した文章を読んだだけでは正しい情報は得られませんよ。
Posted by 通りすがりの生化学者 at 2014年03月16日 07:22
> by 通りすがりの生化学者

私は専門家ではないので、プロトコルの詳細を理解する立場にはありません。勘違いがあればご指摘ください。単に「間違っている」とだけ言われてもわかりません。
Posted by 管理人 at 2014年03月16日 09:20
余談について

理研ではその後幹細胞の抽出まで再現した人はいないようなので、プロトコルに記載された幹細胞は論文発表時に用いたサンプルだと思います。このサンプルは小保方さんが作製したものですから、真相は彼女のみ知ります。若山さんがマウスの遺伝子解析を第三者に委託するようですので、その結果が出ればそのサンプルについての情報はいずれ出るでしょう。ただ、現状でkahoさんらの行った解析ではES細胞に極めて近いという結果が得られているので、その解析結果を信じるならば、ES細胞がコンタミした、または意図的に混入したサンプルである可能性が高いと思います。
理研側がわざわざTCRの結果をプロトコルに載せた理由ですが、私の推測では、STAP幹細胞がTCR再構築を示したとするとマウスが正常に育たないはずでおかしいのではないかという指摘をした専門家が多く、それに応えるつもりだったのだと思います。

この研究については、現状でoct4活性に由来する蛍光を再現したという報告がされているようです。ただ、この結果と、「幹細胞の作製」や「初期化されたという解釈」にはかなり大きな壁があるように思います。今後再現実験によって幹細胞が得られる可能性は十分ありますが、それがSTAP幹細胞であることを示すには、刺激により初期化されたものであることを再度何らかの手法で証明する必要があるでしょう。

今、マスコミが掌を返したようにSTAPが捏造という報道をし始めていますが、現状で言えることは、STAPの存在を強く支持するデータがなくなっただけで、それを否定する結果は何も出てないということです。ですので、研究が仮説の段階、白紙に戻ったというだけで、研究そのものを全否定するかのような報道の仕方にはどうも疑問を感じてしまいます。
STAP細胞のアイディアそのものは先進的なものを感じるだけにそこの部分は非常に残念です。

また、小保方さんですが、「論文」というものの重みを全く理解していなかったような印象を受けました。自身の画像だけでなく、他人の画像までコピペを繰り返しており、まるで小中学生の宿題を作製しているようです。
野依先生が表現された「未熟」という言葉がしっくりくる印象を受けました。彼女をユニットリーダーに抜擢した責任も重いと思いますね。

最後に、やはり研究にマスコミが絡むとろくな事が起こらないということが再認識されたように思います。今回の場合理研側がはじめにマスコミを巻き込んだので自業自得としか言いようがないですが。
Posted by 通りすがりの化学者 at 2014年03月16日 10:31
>> Posted by 通りすがりの化学者 at 2014年03月16日 10:31
ES細胞がコンタミした、または意図的に混入した。のであれば、「未熟」で済むハナシではないと思うのですが。
Posted by 匿名 at 2014年03月16日 10:42
> kahoさんらの行った解析ではES細胞に極めて近い

その解析ではES細胞よりももっと近い(ほぼ同一である)ので、同一サンプルの混同による実験ミスという可能性の方が高そうです。
Posted by 管理人 at 2014年03月16日 11:14
>> Posted by 管理人 at 2014年03月16日 11:14
kahoさんらの解析ミスである。といってますか?
Posted by 220.109.0.166 at 2014年03月16日 11:24
↑ 書いてある通り。解析ミスではなく、(小保方さんの)実験ミスです。
Posted by 管理人 at 2014年03月16日 12:01
それは小保方さんのみぞ知る話ですね。
ここの部分はおっしゃる通り、仮に実験ミスだったとしても、「未熟」という言葉では片づけられない問題だと思います。
Posted by 通りすがりの化学者 at 2014年03月16日 14:22
>>Posted by 通りすがりの化学者 at 2014年03月16日 14:22
素人の私にはES細胞がコンタミなんて考えられないですが、いずれにせよ「未熟」という言葉では片づけられない点、大いに同感です。

>>Posted by 管理人 at 2014年03月16日 12:01
同一サンプルの混同という実験ミスも「未熟」という言葉では片づけられない大問題だと私は思いますが、あなたはどう思いますか?
Posted by 220.109.0.166 at 2014年03月16日 16:07
↑ 研究者についての良し悪しは私はいちいち論評しない、と言っているのですが。

もう一度繰り返します。本サイトは人物や行動の良し悪しは論評しません。書きたい人は2ちゃんねるに行ってください。

本サイトで話題にするのは、シャーレ上の細胞とマウスのことだけです。体重1キロ以上の存在については言及しないでください。(話を拡散させる気はありません。)

そもそも、この件、終了の扱いです。書きたければ、よそで書いてください。
Posted by 管理人 at 2014年03月16日 16:23
>>Posted by 管理人 at 2014年03月16日 16:23

全面的に了解しました。

http://openblog.meblog.biz/のオーナーへ。
Posted by 通りすがりの化学者 at 2014年03月16日 14:22氏と会話したいので本投稿は削除しないでください。

Posted by 通りすがりの化学者 at 2014年03月16日 14:22さん並びにこれをごらんのすべてのみなさん。

つづけたい方はこちらでお願いします。

http://awabi.2ch.net/test/read.cgi/psycho/1394955387/
Posted by 220.109.0.166 at 2014年03月16日 16:44
>「 TCR再構成がないというのは、論文が捏造だった証拠だ!」という集中攻撃を浴びた。

一連の批判に関して

すでに読まれた方も多いかと思いますが

「大小メディアによる『STAP細胞』に対する劇場型バッシングの問題点(1B)」

http://blog.goo.ne.jp/narmuqym/e/938d664fd39e8f696c8b7301b48be1ec

において、次のように述べられています。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−

・・・文章の断片であら捜しをする未熟な読解力の問題である。

要するに、若い細胞を用いるべき事の注意事項としての記述であって、
TCR遺伝子再配列そのものを焦点に於いているのではなく、手法と
しての注意点として述べられているに過ぎない
・・・・・
「8個のクローンをテストしたところ、いずれにもTCR遺伝子再配列
の痕跡は見られなかった」という観察結果は大いに起こり得るものであって、
その生起を否定する根拠とはなり得ないことは確率論的に明白である。
−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−−

一連のブログで

http://blog.goo.ne.jp/narmuqym/e/4d818cb1f94bec01b84c1cd1321db5f6

「アンチ・小保方STAP細胞の匿名ブログ『kahoの日記:STAP細胞の非実在について』のエセ科学性」

理研の内部の人間と名乗りSTAP細胞の存在を否定するkaho氏の考え、説明を徹底的に
結論ありきのでたらめであると、非常に丁寧な説明とともに論破しています。

私も捏造、どうのこうのの話はもう、うんざりだし騒ぎ立てるのは、日本の
恥だと思います。

武田邦彦教授も、日本の学会の特殊性、すなわち論文中の根幹の内容よりも、
間違い探しに注目し、体裁を重視する体質について苦言を呈しています。
そんなことをしていては、誰も怖くて論文が書けなくなると。

欧米では新しい事実さえあれば、体裁は二の次だそうです。日本人の感覚では
バカンテイ教授が論文を取り下げないのはおかしいと思う人が多いようですが
欧米ではあくまでその根幹部分の新しさが問われ、それが否定される材料が
ない以上、取り下げないのは当たり前のようです。

参考に示したブログでも、STAP細胞の有無は別として、その理論は極めて論理的
かつ素晴らしい発想である。再現実験にしても否定するにしろ、正々堂々と
お互い議論をたたかわせ切磋琢磨することで、科学が進歩するというようなこと
が書かれています。たとえ最終的にSTAP細胞が無いという結論に達したとしても。

私は感服しました。
Posted by Yutakakun at 2014年03月21日 15:12
>Yutakakun at 2014年03月21日 15:12さん
2件のリファレンスありがとうございました。
特に、Bioinformaticsの見地からの追及には、お疲れさまでしたと申し上げます。
Kahoさんは、情報科学の本質を理解できていないのではないかと思っていたからです。
なお、実験科学の見地につきましては、Nekoguさんが本質論を展開されています
Posted by 素人の素人ですが at 2014年03月21日 18:03
ぜひ教えていただきたいのですが、

http://blog.goo.ne.jp/narmuqym/e/4d818cb1f94bec01b84c1cd1321db5f6

このブログの内容が妥当であると考える根拠は何でしょうか?
自分にはでたらめとしか思えないのですが…
Posted by 興味があるので at 2014年03月21日 23:18
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