2014年03月12日

◆ 読者コメントの紹介(STAP細胞)

 読者から長文のコメントが寄せられたが、きわめて秀逸なので、独自項目として紹介する。 ──

 長文過ぎて掲載エラーが生じるので掲載してほしい、という要望だったが、きわめて秀逸なので、独自項目で紹介する。

 以下、転載。






名前 : Nekogu
本文 : Open ブログに転載していただけると幸甚です

Open プログ 管理者さんへ
はじめてコメントします。
 STAP を巡るこのネットプログでの幅広い議論を的確に整理され、かつ先導される管理者さんの手腕には敬服しております。

 さて、STAP論文が発表されて1月半、STAP研究のキーパーソンの一人である若山先生が「一旦、論文撤回」を提案されたりして、STAPの真相がどうなるのか、分からなくなってきた状況ですが、事は実験科学の話なので、全ては他者の追試によってSTAP細胞が確認されるか否かにかかっていると言えるでしょう。先日やや詳しい「STAP細胞作製レシピ」が配信されたので、ここ数か月が勝負ということでしょうか。「STAP事件」に対する私のスタンスは、3月6日の「朝日」に載ったスミス委員長に近いものです。
(発見 STAP細胞)再現性の判断、時期尚早 外部評価委のスミス委員長に聞く:朝日新聞デジタル
http://digital.asahi.com/articles/DA3S11013791.html?ref=pcviewer

 とにかく、「産湯とともに、赤子を流すべからず。」を肝に銘じるべきだと思います。

 今ごろになって、このプログにコメントするのは、「論戦」に参加するためではありません。ですから、これが最初で最後のコメントになるかもしれませんが、管理人さんの細胞分裂に伴う「初期化リセットモデル」はなかなか面白いと思ったことと、リセットをもたらすストレス因子の実体の推論に異論があるので、それを述べさせていただきたいからです。

 管理人さんは、温度、pH、圧力、電気的刺激などの物理化学的な環境変動効果の可能性を挙げ、温度や pHをあっさり捨てて、「圧力説」を採られていますが、やや考察不足ではないでしょうか。「圧力説」は面白い考えですが、細管を通す位の圧力では、弱すぎるように思います。タンパク質が圧力で変性することはよく知られていますが、それには50-100気圧位を要します、多分。

 一方、pH5.7は弱酸性で、初めはみんな「えっ」と驚いたと思いますが、ちょっと考えると盲点を突かれたように私には思えるのです。通常、体細胞が弱酸性にされされることはまずありません。体表は皮膚上皮に、胃は胃壁に、腸管は絨毛上皮細胞で被われています。生理的にも弱酸性は生命維持に深刻なことです。ご存知のように、われわれの血液、体液のpHは7.4±0.5に維持されており、これからずれると病状をきたします。驚くべき恒常性維持機構がはたらいています。また、pH5.7では抗原抗体反応は起きないでしょうし、多くの酵素の至適pHからずれています。細胞レベルでいいますと、細胞はリソソームというタンパク質の分解などを行う膜系がありますが、その膜内のpHは5-6で丁度pH5.7付近なのです。細胞は、弱酸性環境をリソソームに限局させて、物質消化を行っているのです。実は、この弱酸性下で生体分子、生体反応がどうなるのかは、ほとんど解明されていません。生理的条件から逸脱しているので研究の対象にならないのでしょう。しかし、pH5.7 で細胞がSTAP 応答をするというわけですから、pH5.7 の重要性を一応まともにに受け止めてもよいのではないでしょうか。小保方氏はまだ話してはいませんが、「弱酸性処理」という着想をどこから得たのか、いつか語ってもらいたいものです。

 それでは、パスツール細管を通過させる効果は何でしょうか。論文でも記しているように、trituration でしょう。和訳すれば「粉砕」ですが、「細胞部位の外科的切除」ということでしょうか、多分。分裂する細胞は、通常、細胞分裂後にすみやかに分裂前と同等の細胞に復帰しようとします。この復帰反応の多くは細胞質で進行しているはずです。trituration は、この反応部位を破り取ってしまう操作です。細管通過により剪断力で引きちぎられるようなイメージです。乱暴な操作ですが、細胞の一部を瞬時に切離するには効果的です。細管はパスツールを引き延ばして作製しており、確か内径50ミクロン位だったと思います。このサイズなら細胞数個が十分通過できる太さですが、ある程度の長さの狭い空間を素早く通過させれば、細胞をちぎるだけの剪断力を及ぼすことは十分できるのではないでしょうか。この「細胞手術」によって、元の細胞に復帰できなくなった細胞は、自死もできず(自死装置も破棄されて)、死にきれない/虫の息状態と言えるのかもしれません。強いて言えば、それがSTAPのきっかけなのではないでしょうか。

 最後に、わたしが論文を読んで気になった点や、感想を述べておきたいと思います。気になった点はいくつかありますが、2つだけ挙げておきます。
 一つは、CD45+細胞(T細胞を含む)のDNA PCR のデータです。Articleの方の Fig . 1-i-3と Ext. Fig. 7-g 右端(T cell STAP #2)に、germ line バンドがないのは奇妙に思われました。前者は多くの人に指摘されたようですが、後者を指摘する声は少ないようです。後者は、解析に用いたDNAサンプルの質がよくなかった、つまり調製がまずかったせいかもしれません。
 気になったもう一つのは、Cag-GFP STAPのキメラマウスの遺伝子解析のデータが示されていないことです。GFPが発色しているから、キメラができていることは確かと言っていいのですが、CD45+, Oct4-GFP 細胞の実験で示したT 細胞STAPからのキメラなのかどうかは示されていません。通常は、生まれたマウスの尾を切って、それから抽出したDNAを解析するのが常法となっているので、おそらくデータはあるのものの、ある事情で示さなかったのかもしれません。あり得ることです。理由は2通り考えられます。一つは、TCR遺伝子再編成を示すladderが見られなかったため。これでは細胞レベルのT細胞のSTAP化実験と整合性がなくなります。2つは、ladder が見えたため。これは細胞レベルの実験と整合性があるので結構なのですが、全身が、TCR遺伝子が再編成したT細胞から成る正常なマウスが生まれたと言ってしまっていいのか、データを示す自信がない。再編成されたTCR遺伝子はSTAPになっても元に戻るとは考えられないので、生まれたマウスのT細胞はTCRの抗原特異性のレパートリーを作れず、何らかの異常が予想されるからです。
 どちらでしょうか。一つ目の可能性はあり得るようです。先日開示されたSTAP実験法の中で、STAP幹細胞(STAP-SC)ではTCR遺伝子再編成が見られなかったとあるので、STAP化に用いたCD45+細胞はT細胞以外の細胞も含む集団だったと思われます。そうなるとキメラはT細胞以外のSTAP細胞からできた可能性が生じます。2つ目の可能性もありうると私は考えます。T細胞のTCR遺伝子対の一方は再編成していますが、対立遺伝子排除 (allelic exclusion) によって、他方の対立遺伝子はgerm line のままです。STAP化によって細胞が初期化されたのならば、再びT細胞に分化するとき、今度は50%の確率で、germ line のままだった対立遺伝子の方が再編成され、再編成された遺伝子が対立遺伝子排除の対象となると考えてもよいのではないかと思うからです。T細胞の半分が正常なら(もう半分も細胞としては正常だが、免疫系への寄与はほとんどないと考えられる)、マウスの免疫系は概ね正常に機能すると考えられるのではないでしょうか。いずれにしても、早々にSTAP細胞キメラマウスと胎盤のDNA解析のデータを示して欲しいものです。

 また、STAP論文を読んで、私が知りたいと思うのは以下のことです。
・酸処理以外の刺激で得られるSTAP、STAP-SCのキメラはどうなるのか。
・リンパ球以外の組織由来の細胞のSTAP、STAP-SCのキメラはどうなるのか。
・ES, iPS, STAP-SC, MUSEをSTAP化処理したらどうなるのか。
・ES, iPS, STAP-SC, MUSE細胞をばらばらにしないで、細胞塊のまま胞胚に注入した場合のキメラマウスと胎盤はどうなるか。
 最後の疑問は、STAPキメラでSTAPから胎盤も生じた機構が気になるからです。栄養膜細胞にSTAP細胞が潜り込んだためと考えると、タンパク分解酵素処理で細胞をバラバラにすると栄養膜に潜り込めなくなるのではないだろうか。ES, iPSのキメラのでは胎盤にはならないのですが、それは、細胞をバラバラにする処理をしたためではないか。それなら、細胞塊のままキメラ作製をすれば、ES, iPS、STAP-SCでも胎盤になるのではないかと、素人考えするのです。(解決済みかな?)

 STAP という概念は、今回の論文が修正されるにしろ、撤回されるにしろ、なかなか卓越した概念であると私は思います。この概念によって、これまで独立に提示されてきた体細胞からある種の刺激/ストレスによって得られた多能性幹細胞を整理して理解することができるようになると思われるからです。様々なストレスによって細胞が初期化するときに、細胞に一体何が起きているのでしょうか。Dolly のときの乳線細胞の初期化は、確か低栄養培養/電気刺激によるものでした。MUSEも論文にはstress-tolerant とあります。効率はともかく、STAP細胞が得られたとする確かな追試報告が早晩現れることを期待したいと思います。STAP研究の成齢マウス細胞やヒト細胞への拡張・展開はそれからでしょう。

 管理人さんには、一層のご活躍を期待しています。
 
posted by 管理人 at 00:42| Comment(23) |  STAP細胞 | 更新情報をチェックする
この記事へのコメント
面白いですね。
ちょっと想像してみました。

胃壁に分化した細胞は酸耐性遺伝子を発現している。
普通に分化した細胞Cは酸耐性遺伝子を抑制している。
Cが酸に晒される。
生き残った細胞は酸耐性遺伝子を発現している。
しかしそれは本来のC+酸耐性遺伝子ではなく、分化の巻き戻し、あるいは、リセットが伴っている(場合がある)。
何故か?
酸耐性遺伝子の抑制は、分化に組み込まれてプログラムされているから、単独では解除できない。
酸の中で長く適応させすぎれば、胃壁細胞に近くなってしまい、万能性は低下する。
Posted by sumiyaki at 2014年03月12日 02:55
恐ろしいコメント量ですね、管理人さんも大変です。
ここまでコメントで管理人さんに嫌味を込めた皮肉しか言ってこなかった私ですが、STAP細胞について言及したいと思います。ここでは理研内外でのゴタゴタは考慮しません。科学的ではないから真偽が不明なので

まず捏造(論文の間違いという意味で使います)があったかどうかですが、これはほぼあったと言ってもいい状態だと思います。根拠は初期の論文の根幹に関わる部分を騒動後に発表されたプロトコルで訂正したことです。何がどうして作られたという因果関係がなくなりました。

次にこれからどうするべきかです。論文が間違いである、という前提で進めます。理研は引き続きSTAP細胞の研究を進めるべきだと思います。この点では管理人さんと同じ意見なのでしょうか。STAP細胞の研究への補助金は取りやめにし、以前と同じ状態で、どこのデータを正確なデータ(ここでは生のデータ、希望的観測を含まないものを意味します)と取り替えたのか、また論文のどこが本当で、どこが都合良く付け足した部分なのかを明確にし、本当の部分から考え直すべきです。それで何か分かればそれで良し、その研究を新たに進める。それで何もできない、目新しい発見もなければそこで保留にしておく。

懐疑的な姿勢と信じる姿勢の両方がなくてはなにもなせません。もし論文が意味をなさないものであったなら、今回の件で日本の科学への信頼は確かに失墜するでしょう、しかし本来科学者は先に上げた姿勢を均等に持っていてしかるべき人たちなので、失墜に関係するのは専門家ではない人たちなのです。
科学の発展に必要なのは間違いを喜び揚げ足を取ることではないと信じています。なぜ間違えたかを考察することが必要なのではないでしょうか、最初から間違っていたとしても。

管理人さんの揚げ足取りに必死になっていた私が言うのもおこがましいですが、論文の失敗に喜んでいるように見える人たちに疑問を抱きました、議論の正当性は素人には測れませんので、匿名でされるコメントには信憑性も正当性もほとんどありません。長文失礼しました。
Posted by 読者 at 2014年03月12日 05:44
管理人さん

乳癌細胞に圧力をかけると性質が良くなることもあるようです。ヒトの逆流性食道炎では食道上皮のOCT4が高発現しているようです。
Posted by 五代くん at 2014年03月12日 06:17
読者さん、あなたのような方がいるから、国の将来を悲観しなくてよいのですね。
>乳癌細胞に圧力をかけると性質が良くなることもあるようです。ヒトの逆流性食道炎では食道上皮のOCT4が高発現しているようです。
五代くんさん、同意見です。
管理人、いい流れの中を少し、汚してみました。
Posted by 素人の素人 at 2014年03月12日 09:09
最初にSTAPの話を聞いた時、トカゲの尻尾やプラナリアなどを想像し、「確かにそういう考え方も面白いし
、可能性があるかも」と、羨望と尊敬の目でこの発見を見てましたが次第に小保方氏の雑な論文の書き方に失望しすっかり懐疑的になっていました。専門じゃないのでわかりませんが、トカゲの尻尾やプラナリアは切断された箇所から見事に復元がされます。 立体的な位置情報もほぼ狂いがなく再生するので細胞接着因子が関与してるのかとは思いますが、表層に存在する細胞接着因子が弱酸性環境により立体構造を変え、リプログラミングのスイッチを押したと言うのは可能性があると私も未だに信じています。

ただ、ここからは精神論ですが、30歳にもなる人間が口頭でも文書でも説明することなく共著者にその全てを負わせるというのは社会的に見ても些か稚拙です。
しかも本人もこの研究に対し情熱と信頼を置いてないのでしょう。 もしあるなら、世界中の研究者に批判され論理に矛盾があったとしても私なら戦います。
もう研究者としての道も閉ざされ、失うものがないなら尚更です
Posted by 笑 at 2014年03月12日 12:43
管理人さんが前から強調されているように、真実を突き止めるために全ての邪念を排除することが大切でしょう。
こういう話になると、いつも「無駄」「意味がない」「ねつ造」等の言葉が飛び交いますね。
これは一般的なことですが、ブレークスルーはいつも盲点に存在し、誰もが無意識に排除している所から生まれるモノです。
このブレークスルー(盲点から得た解決策)に気がつくためには「定石」を極めている人ですが。
Posted by 小太郎 at 2014年03月12日 13:38
≫小太郎さん
まったく仰る通りです。
管理人さんに楯突く捏造論者の言うことは、すべて嫉妬と妄想に凝り固まった「邪念」ですから、対話だの議論だの聞く耳を持つ必要など、カケラもありません!

管理人さんのように全面的に正しく、真摯で寛容で理性的で科学的な態度をお持ちの立派な方が、いわれなき捏造論者に攻撃される状況は、本当に嘆かわしい限りです。
Posted by 傍観者@実在論者 at 2014年03月12日 14:01
>気になったもう一つのは、Cag-GFP STAPのキメラマウスの遺伝子解析のデータが示されていないことです。GFPが発色しているから、キメラができていることは確かと言っていいのですが、CD45+, Oct4-GFP 細胞の実験で示したT 細胞STAPからのキメラなのかどうかは示されていません。

Nature articleのマテメソに書いてあります。「For experiments using STAP cells from
CD451 cells without the Oct4-gfp reporter, STAP cell clusters were identified by
their characteristic cluster morphology (they are made of very small cells with no
strong compaction in the aggregate).」
つまりキメラマウスに使った細胞は、STAP細胞(酸処理によってOct4-GFP陽性を示す細胞)ではない可能性があるのです。
このことから、STAP細胞由来のキメラマウスの存在はかなり初期から疑惑がもたれていました。Nekoguさんのおっしゃる通り、キメラマウスのしっぽを出せ、という声が出ていました。

昨日分生学会からもかなり厳しい声明が出ましたので、近いうちに生データの提出が(存在するなら)期待できるかもしれませんね。

ちなみに・・・
私は野次馬というIDで何度か書き込みしていましたが、同じIDの方がいらっしゃるようなので今後は馬次野にかえます。
Posted by 馬次野 at 2014年03月12日 14:06
>小太郎さん
純粋に疑問なんですが、これまでの科学史の中で
結果の画像を切りはりしたり、よその論文をまんま写す
ような研究者が意味あるブレークスルーを達成したってことがあるんでしょうか?
アーティファクトの誤認ならば、ブレークスルーのキッカケに
なったことはあるでしょうけども。
(定石ってライフスペースの人が使ってたやつを皮肉で書いてる訳じゃないんですよね?)
Posted by 質問 at 2014年03月12日 14:08
傍観者さん
ジョークもやりすぎると面白くないですよ。

たまたまニュースをみていたら論文撤回のニュースが流れました。これからが正念場です。論文の正しい部分で論じられていることを考察し、新しいことが発見されることを期待します。全部誤りでもそれで良し、要らぬ時間を費やさなくて良かったと考えるべきです。

さて、私が暇ではないときにわざわざ書きたいことは、論文撤回の件で騒いでいる似非愛国者の方についてです。日本の研究への不信感が〜とやけに楽しそうですが、科学者は国で研究を判断するのでしょうか?
前コメントで述べた通り、科学者は客観的な姿勢をもっているものではないでしょうか
あまり言うとコメントが荒れるのでここらで失礼します。
Posted by 読者 at 2014年03月12日 14:18
≫質問さん
どうもこんにちは。
管理人さんは「メンデルの遺伝子の概念」を例示していましたよ。だから「捏造論者は今後一切、遺伝子の概念を用いてはならない」とのことです。

≫読者さん
どうもこんにちは。

不愉快な思いをさせてしまい、申し訳ございませんでした。
書いてる本人が笑えない時点で、もはやジョークにもなっていないですね……。
Posted by 傍観者@以下略 at 2014年03月12日 14:34
>傍観者@以下略さん
そういう揶揄したようなものではなくて、
本当に事例があるのかどうか知りたいんですよぉ。
Posted by 質問 at 2014年03月12日 14:38
≫質問さん
管理人さんは、揶揄でも煽りでもなく、本気で仰っているように、私には見受けられましたよ……?

「研究を中止せよ(皮肉)」のエントリーを、一度読んでこられることをお勧めします。
Posted by 傍観者@以下略 at 2014年03月12日 15:02
この記事によると、弱酸性処理の着想は「偶然」のようですね。
http://www.kobe-np.co.jp/news/iryou/201401/0006671620.shtml
Posted by cg at 2014年03月12日 15:05
>傍観者@以下略さん
その項は読みましたが、「皮肉」の予防線のため内容を真面目に受け取ることができません。
というか、質問は小太郎さんに対してのもので、管理人へのものではないです。
Posted by 質問 at 2014年03月12日 15:12
体細胞核を用いたクローン動物でのゲノム初期化は卵子の環境要因と聞きますが、これは一つの説ですよね?共著者に限らず多くの人があるんじゃないかなあと感じていているのは、この辺にも理由があるのでしょうかね。iPSやESといった幹細胞と絡めると話がややこしくなるのでクローン動物が作成できる過程での初期化の問題に絞ると話や方向性がスッキリするのではと思いました。
Posted by ut at 2014年03月12日 16:35
>>質問さん
完全なるねつ造だったら、無しですね。
ここでねつ造論議をするつもりは無いのですが、ねつ造とかコピペと言われているところが、論文を説明する上に、便宜上都合が良くて使っただけなのか(偽ねつ造)?、本来はあり得ないことをあり得るように使ったのかどうか(真ねつ造)?今、判断する事が出来ないためそれらの邪念を捨てて再現した方が良いと思うだけです。もちろん、疑われることをやってしまった点は大いに反省しなくてはいけませんが・・・
「定石」に関しては通常の「セオリー」の意味で皮肉などはありません。セオリーを突き詰めて何とも突破できない時に視点を変えることによって「盲点から生まれる」事が多いって言う意味です。
言葉通りです。
Posted by 小太郎 at 2014年03月12日 17:28
≫小太郎さん
捏造論者の捏造議論(邪念)に付き合う必要はありませんよ!

「『証拠は偽物だが、証拠が語る内容自体は真実である』という場合がある」という科学的な真理に則れば、もし仮に小保方氏の論文が、小太郎さんが仰るところの「真ねつ造」であったとしたところで、STAP細胞の実在性には、何ら影響を及ぼさないのですから。

とにかく再現実験さえすれば、STAP細胞を迫害する捏造論者の無知と誤りは、白日の下に晒されます。今はただ、堂々と待てば良いのです。
Posted by 傍観者@実在論者 at 2014年03月12日 19:03
本項で、''STAP という概念は、今回の論文が修正されるにしろ、撤回されるにしろ、なかなか卓越した概念であると私は思います。''

いやいや、これは、今回の小保方論文じゃなくて、バカンティが10年以上前から言い続けていて、無視されていた概念です。
Posted by 通りすがりA at 2014年03月13日 10:37
>>笑さん
とある研究機関では研究者が直接マスコミ対応しないようにしています。発言をマスコミに曲解され、発言の真意とは全くことなることを事実として報道されてしまうことが多々あるためです(こういうのは捏造とは言わないのかなぁ・・・)。理研でも似たような対応しているのではないかと想像します。
一方、大学はより自由で先生の裁量にまかせられている部分が多いことがあります。
今回、大学の先生が色々と発言され、小保方さんが黙っているのはそういった所属組織の毛色の違いがあるのではないでしょうか。
Posted by 研究者っぽい何か at 2014年03月13日 11:29
同姓間生殖について
 どこかの板に「同姓間生殖」の話がありましたが、もし、「お父さんもお母さんも自分」って言う条件で受精卵を作ったとすると「多能性細胞」と同じって事になるのかな〜。
この場合遺伝子の再構築後の遺伝子ってどうなるのか?
別物ができたとしても「再生医学」的に利用はできそうな期がするんだけど・・・
誰か教えて下さい。
Posted by 小太郎 at 2014年03月13日 17:09
文字化けの訂正です。

> pH5.7 で細胞がSTAP 応答をするというわけですから〓〓〓〓〓〓の重要性

訂正: ・・・応答をするというわけですから、pH5.7の重要性・・・
Posted by Nekogu at 2014年03月13日 21:28
私は理系人間ではありますが、
この件では専門外だから捏造かどうかに言及する気はありません。

ただ、ざっと読んで思ったのは「捏造論者の言うことに耳を貸す
必要はない」というのは、科学的な考え方とは言えませんね。
言う人の人格と、言うことの正しさには因果関係がないからです。
先入観を排除して冷静に考えましょう。難しい専門知識を覚えるより、
科学的な思考方法を身につけることをお勧めしますよ。

で、この件では様々な憶測交じりの情報が飛び交っていて、何が起き
ているのかを推定するのは難しいと思います。ただ、論文を擁護する
専門家で実名の出ている人は少ないですよね?
また擁護派と懐疑派は、いずれも確かな根拠を示していない。
懐疑派の調査に時間が掛かるのは仕方ないとして、擁護派は・・・?
皆さん、感情的にならず、冷静に考えてみて欲しいと思います。
Posted by しげる at 2014年03月14日 21:02
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