日本人の大部分は、縄文人と弥生人の混血である。このことはすでに定説となっている。問題は、縄文人と弥生人がどこから来たかだ。
縄文人と弥生人の由来についての通説は、次のようなものだ。
・ まず、南方（東南アジア方面）から縄文人が来た。
・ 次に、北方（シベリア・モンゴル）から弥生人が来た。
・ 縄文人は、どんどん北方と南方に追いやられた。
・ （北部の）アイヌと（南部の）沖縄人は、追いやられた縄文人だ。
・ アイヌと沖縄人は、人種的にも言語的にも似ている。
これは、埴原和郎による「二重構造モデル」と呼ばれるものだ。つい最近まで、これが通説となっていたようだ。たとえば、次のページ。
→ 科学博物館
→ 解説ページ
しかし、最近の研究では、弥生人は（北方のシベリア・モンゴルではなく）、むしろ日本より南に位置する中国南部が由来だという。
→ 科学博物館 （新）
一方、縄文人はどうかというと、次のようになるらしい。
・ 縄文人は、主に北方起源の人々からなる多様な集団である。
・ アイヌ人は、オホーツク文化と近縁の集団など、多様である。
・ 沖縄人は、先住民は南方系の漁撈民だったが、南九州からの
移住者が多く、言語的にもDNA的にも南九州と非常に近くなった。
このことは、私の見解ではなくて、書籍の内容の紹介である。
書籍は、次の書籍だ。（ Amazon のサイト。読者コメントあり。）
→ 新日本人の起源 （神話からDNA科学へ）
この本の書評としては、加藤弘一による次の書評が詳しい。こちらを読むことをお勧めする。
→ 加藤弘一「書評空間」
（ 関連書 もある。Amazon 読者批評
では非常に高い評価だ。）【 関連項目 】
→ アイヌ語
※ アイヌ語と縄文語はよく似ている、という梅原猛の見解。
言語レベルから、アイヌ人と縄文人の共通性が窺われる。
【 関連サイト 】
→ 縄文人の暮らし
※ 縄文時代の人々がいかに文化的な生活を送っていたかを詳しく。
農耕もせず、文字もなかったので、原始的な生活をしていたと
思われていたこともあったが、実はそうではなかったのだ。
【 参考書 】
読者に教わったが、次の参考書があるという。
→ 日本人の起源 最新版―最初の日本人から、邪馬台国の謎まで (Newtonムック)
（ Amazon のサイト）これは科学雑誌 Newton の特集ムック。2499円。2009年９月の刊行だから、かなり新しい情報があるはずだ。
【 後日記 】
本項の記述は、内容が古くなっています。
新たに下記の項目を書いたので、そちらを読んでください。（2012年８月〜11月ごろの執筆）
→ 人類の移動 （まとめ）
→ 古モンゴロイド（北方系）の経路
→ 縄文人と弥生人 ２
→ 18000年前の縄文人
（ ※ 下記のコメント欄に termmasyu さんの見解がありますが、上記の項目とおおむね整合的です。）
●縄文人：ＤＥ系統Ｄ亜型Ｄ２Ａ （今から３万年前より日本列島にいた先住民）
●弥生人：ＮＯ系統Ｏ亜型Ｏ２Ｂ１ （今から約３０００年前に日本列島に渡来）
と推定されています。 本土日本人は、Ｙ染色体ハプロタイプでは「ＤＥ系統Ｄ亜型Ｄ２Ａ（約４０〜５０％）」と「ＮＯ系統Ｏ亜型Ｏ２Ｂ１（約２２〜３０％）」「ＮＯ系統Ｏ亜型Ｏ３（約１５％）」による混血（ハーフ）です。「ＤＥ系統Ｄ亜型Ｄ２Ａ」と「ＮＯ系統Ｏ亜型Ｏ２Ｂ１」は、世界中で「沖縄県民（琉球民族）」と「本土日本人」しか持っていません。中国人は「ＮＯ系統Ｏ亜型Ｏ３」、朝鮮人は「ＮＯ系統Ｏ亜型Ｏ２Ｂ＊／Ｏ３」となり、基本的に「ＮＯ系統Ｏ亜型」しか持ちません。「ＤＥ系統」としては他に「ＤＥ系統Ｅ亜型」があり、アフリカ、中東、南ヨーロッパに分布する民族となります。日本人の混血の約半分を占める「ＤＥ系統」はいわゆるモンドロイドではなく、特徴の一つとして、立体的な顔が上げられます。日本人と「朝鮮人、中国人」で異なる点として、「個人差はあります」が、多少彫りのある顔、多少濃い髭、目が長くなく丸い、耳が離れている、顎がするりと丸い、子供っぽい容貌等は、「ＤＥ系統Ｄ亜型Ｄ２Ａ」由来と考えられます。（アイヌ人（Ｄ２＊）、沖縄県民（琉球民族：Ｄ２Ａ）は本土日本人より更に「ＤＥ系統Ｄ亜型Ｄ２」の比率が高くなります
（アイヌ人は８８％、琉球民族は５８％）。また、容貌が日本人と似ていると言われる、羌族などのチベット人は「ＤＥ系統Ｄ亜型Ｄ１／Ｄ３：両方足して４８％」と「ＮＯ系統Ｏ亜型Ｏ３」との混血です。今から約６８０００年前のアフリカにおいてＤＥ系統ＤＥからＤＥ系統Ｄが分岐、また約３８０００年前の東アジアにおいてＤＥ系統ＤよりＤＥ系統Ｄ２が分岐したと推定されています。チベット人のＤ３は数はＤ２より上ですが、分岐年代が一番新しいのはＤ２の方となります。参考までに、主に中国人など東アジア一般的な「ＮＯ系統Ｏ亜型Ｏ３」の分岐は、今から約２５０００〜３００００年前と推定されています。ＤＥ系統とＮＯ系統は、極めて遠い民族同士であり、２０万年と言われる現世人類（サピエンス）の歴史の中で、１０万年以上さかのぼらなければ接触点がありません。）